В XIII–XV вв. место расположения кафедры апостола Петра в базилике менялось; сначала она была перенесена к алтарю святой Анны (северо-западный рукав трансепта), затем установлена в капелле Девы Марии, примыкавшей к капелле святой Петрониллы, впоследствии перенесена в ризницу храма. С XV в. кафедра апостола Петра ежегодно выставлялась в базилике 22 февраля, но традиция была прервана по указанию папы Римского Александра VII (1655–1667 гг.). Трон поместили в монумент-реликварий, установленный в глубине западной апсиды храма (работы завершены в январе 1666 г.). Основу реликвария, изготовленного из позолоченной бронзы, составляет скульптурная композиция, которая возвышается над алтарём кафедры апостола Петра. На массивном полихромном постаменте, декорированном мрамором и яшмой, размещены гигантские (высотой около 5 м) статуи святителей Амвросия Медиоланского, Александрийского епископа Афанасия I Великого, Иоанна Златоуста и Августина Блаженного. Фигуры двух греческих и двух латинских отцов церкви должны были символизировать вселенский характер Римско-католической церкви и то, что учение о папском примате составляло неотъемлемую часть христианской доктрины. В центре композиции находится массивный трон-реликварий с рельефной сценой вручения апостолу Петру ключей от Царства Небесного; трон увенчан фигурами двух ангелов с тиарой и ключами – символами власти Римского понтифика. Выше расположен овальный оконный проём с витражом с изображением Святого Духа в виде голубя, окружённого сиянием. Витраж имеет пышное скульптурное обрамление: лучи, пронзающие облака, и фигуры летящих ангелов. По периметру апсиды у основания свода тянется надпись на латинском и греческом языках: «О пастырь Церкви, ты пасёшь всех агнцев и овец Христовых». Реликварий кафедры апостола Петра – яркий памятник эпохи барокко, в котором архитектурные формы органично сочетаются со скульптурой. После помещения в реликварий кафедра апостола Петра выставлялась для поклонения в 1705 г., затем в 1867 г. в ходе празднования 1800-летия мученической кончины апостолов Петра и Павла. Тогда же Дж.Б. Де Росси осмотрел кафедру и сделал вывод, что она состоит из частей, изготовленных в разное время. В ноябре 1968 г. начались более тщательные исследования под руководством М. Маккароне, после чего святыню вновь поместили в реликварий; в ризнице базилики святого Петра выставлена её копия (1974 г.). Некоторые исследователи, начиная с Дж.Б. Де Росси, считали, что каменное седалище в одном из погребальных кубикулов (IV в.) в комплексе Большого кладбища (Coemeterium maius) на Номентанской дороге, почиталось как престол апостола Петра. В Средние века существовало предание, по которому апостол Пётр совершал обряд крещения в этих катакомбах. По версии Орацио Марукки, эту легендарную кафедру апостола Петра следовало искать в катакомбах Присциллы. Иногда кафедрой апостола Петра называют мраморный трон, находящийся в церкви Сан-Пьетро-ди-Кастелло в Венеции. Согласно средневековому преданию, трон был привезён из Антиохии и подарен жителям Венеции византийским императором Михаилом III (842–867 гг.), хотя, скорее всего, как полагают исследователи, он был изготовлен в XI–XII вв. в Сирии и доставлен в Венецию во время одного из Крестовых походов.