Вскоре Боголюба выкупили у крымского хана посланцы великого князя Московского. Он вернулся на берег реки Тускари, нашёл части иконы, и, когда составил их вместе, они чудесным образом соединились. На месте часовни Боголюб соорудил хижину, куда поместил икону, а сам отправился в Рыльск, где для неё был устроен храм. Икону перенесли туда, но она не осталась в городе, а вернулась на место своего обретения; так повторялось дважды. Когда икону снова попытались вывезти по реке в Рыльск, то буря едва не потопила лодку; к этому же времени относится чудо спасения охотника Малюты от крымских татар на дереве над источником Богородицы. Слава о чудотворном образе дошла («во ушиса вниде») до царя Фёдора Ивановича. В 1597 г. по его приказу икону принесли в Москву. Здесь её украсили жемчужной ризой и серебряным окладом, а также обложили рамой с изображениями Господа Саваофа и пророков. К иконе приложили пелену с вкладной надписью царя Фёдора Ивановича и его супруги Ирины, а «царица Арына Феодоровна сделала к иконе пелену с крестом и подним вышито золотом, в коем году сию пелену она государыня приложила и со всяким предивным украшением и велели устроить монастырь и поставить церковь Рождества Богородицы»; золотыми буквами было вышито: «Повелением Благоверного Государя и Великого Князя Федора Иоанновича всея России самодержца и Благоверныя Государыни Великия Княгини Ирины, и их дочери Великой княжны Феодосии сделана сия пелена к образу Пречистыя Богородицы Курския, лета 7105 (1597)». Пелена хранилась в курском Знаменском монастыре в деревянном футляре (местонахождение пелены исследователям неизвестно). Царь повелел восстановить разорённый татарами Курск, намереваясь вернуть туда икону. Образ сначала перенесли в основанную на месте часовни Коренную пустынь (в 1597 г.), а вскоре – в Курск, где поставили в соборном храме Воскресения Христова в приделе Рождества Пресвятой Богородицы. В правление царя Бориса Фёдоровича Годунова, с 1601 по 1604 гг., по стране «был глад великий и мор на люди». Курск в это время не пострадал от неурожая, кормил и себя, и жителей соседних губерний. В этом видели знак особого расположения Пресвятой Богородицы к Курску, находившемуся под защитой Её образа. Узнав о чудесах от иконы, царь Борис Годунов прислал в Коренную пустынь «образа, книги, колокола, ладан, пелены и церковные украшения». В 1604 г. Григорий Отрепьев приказал привезти Курскую-Коренную икону в свою ставку в Путивле. Жители не ослушались приказа, т.к. считали его истинным царём, и отправили икону с диаконом Поликарпом. Лжедмитрий I носил образ с собой в сражениях, привёз в Москву и поставил там в царских чертогах. В 1612 г. Курск был осаждён войском польского гетмана Станислава Жолкевского («воинство его было нищее, сказывают числом до 70 000»). Горожане собрались в Воскресенском соборе, в приделе, где прежде находилась икона Божьей Матери, там они молили Пресвятую Богородицу о защите. В это время было два чудесных явления Пресвятой Богородицы: некая женщина рассказала о виденной ею Богоматери, Которая повелела сжечь часть крепостной стены; затем белгородский пушкарь Иоанн Москвитин сообщил, что видел, как от Пятницкой башни по стене шла «в великом свете девица, а с ней два юноши в светлых ризах». Осада Курска, обороняемого воеводой Юрием Игнатьевичем Татищевым, была длительной и жестокой. Чтобы спастись, горожане хотели оставить город и скрыться в лесах за Тускарью, но «попадья Спасская их предала».