Развитие точных наук можно назвать прямолинейным: они движутся путём приращения знания; философия же движется по спирали: основные философские вопросы осознаны и сформулированы уже в древности, поэтому круг тем философского исследования не может расширяться так же интенсивно, как это происходит в естественных науках, однако, многократно возвращаясь к одним и тем же предметам, философская мысль каждый раз достигает более глубокого уровня: «…История философии показывает нам, что движение философской мысли не есть случайная смена борющихся, неустойчивых и несостоятельных мнений, но процесс постепенного приближения к истине, так что только близорукому взгляду может показаться случайность и произвол там, где всё идёт в стройном порядке различных моментов философского познания». Хотя принято считать, что наука и философия оперируют разными методами, разграничить их по этому признаку затруднительно. В.Д. Кудрявцев-Платонов полагал, что у философии нет особого, исключительно ей принадлежащего метода. Для философского, как и для естественнонаучного, изучения мира должны употребляться общие методы рационалистического познания: аналитический и синтетический методы в совокупности. Наиболее показательным примером последовательно выполненной и явно неудачной попытки построения философской системы только на основании дедукции В.Д. Кудрявцев-Платонов называет философию Георга Вильгельма Фридриха Гегеля. Как в естественных науках простое накопление и систематизация опытных данных не рождают ещё научного знания, так и творческая мысль философа не может создавать новое знание «из ничего», «без предположения опыта и основанных на нём понятий». Философия не различается по методу от богословия, и хотя источники исследования различны – разум и Божественное откровение, но метод познания один и тот же – рациональный: «Учение о Боге, как скоро делается систематическим изложением истин веры, наукой, богословием, употребляет те же приёмы познания, те же формы систематизации и аргументации, как и философия, и не может избежать их, если желает быть наукой». Будучи христианским мыслителем, В.Д. Кудрявцев-Платонов, однако, не считал философию «служанкой богословия» и отстаивал свободу философского мышления. Философия, по его словам, не может исходить из начал и предположений, принимаемых на веру. Основания философии должны быть обоснованы. Философия противоречила бы сама себе, если бы начала с понятий важных, например, об абсолютном начале мира, но недоказанных. Влияние веры на философское мышление неизбежно, однако оно «должно быть влиянием советующего друга и руководителя, но не простираться до деспотического давления и стеснения свободы этого мышления». Форма философского исследования систематическая, это не только необходимость изложения, но и внутренняя необходимость. По классификации В.Д. Кудрявцева-Платонова, философия включает в себя пропедевтические дисциплины (логику и опытную психологию), метафизику (гносеологию, учение о безусловно сущем (естественное богословие) и об условно сущем (космологию и рациональную психологию)), этику и эстетику. Из обозначенных областей наибольшее внимание В.Д. Кудрявцев-Платонов уделял метафизике. Некоторые вопросы этики кратко освещаются в учебнике «Начальные основания философии».