Метафизику В.Д. Кудрявцев-Платонов читал в Московской духовной академии до конца жизни. Курс лекций по истории древней философии, который он разрабатывал вплоть до 1864 г., остался неизданным. С 1856 по 1870 гг. В.Д. Кудрявцев-Платонов читал также курс истории новой философии. Кроме философских предметов преподавал немецкий (1856–1858 гг.) и французский (1860–1870 гг.) языки. В 1856 г. женился на Капитолине Васильевне Зверевой. Брак был бездетным. В 1857 г. в «Прибавлениях...» вышла большая статья В.Д. Кудрявцева-Платонова «О единобожии как первоначальном виде религии рода человеческого». В этом же году В.Д. Кудрявцев-Платонов стал экстраординарным, а в 1858 г. – ординарным профессором и членом академической конференции. В начале 1860 г. были опубликованы в «Прибавлениях...» статья «Безусловный прогресс и истинное усовершенствование рода человеческого» и в «Православном обозрении» статья «О первоначальном происхождении на земле рода человеческого». Эти и ранее вышедшие две публикации В.Д. Кудрявцева-Платонова имели большой успех и были «замечены в официальных кругах». В том же году В.Д. Кудрявцев-Платонов был приглашён занять вновь созданную кафедру философии Московского университета. Министерство народного образования было заинтересовано в том, чтобы поставить на вакантную кафедру профессора, который выступал в печати как критик материализма. Однако от предложения В.Д. Кудрявцев-Платонов отказался, после чего кафедру занял Памфил Данилович Юркевич (1827–1874 гг.), воспитанник Киевской духовной академии, преподававший там философию. В том же году В.Д. Кудрявцев-Платонов был приглашён в столицу для преподавания философии наследнику престола, сыну императора Александра II Николаю Александровичу (1843–1865 гг.). Выбор попечителя цесаревича графа Сергея Григорьевича Строганова, ответственного за программу образования наследника, пал на В.Д. Кудрявцева-Платонова благодаря положительному отзыву Николая Александровича о статье «О первоначальном происхождении на земле рода человеческого». Статья понравилась цесаревичу, «потому что она писана спокойно и без желчи». С января 1861 г. по январь 1862 г. В.Д. Кудрявцев-Платонов преподавал наследнику логику и метафизику. После окончания курса граф С.Г. Строганов писал Филарету (Дроздову): «Исполнив с примерным усердием и с замечательным талантом вверенное ему учение, молодой профессор умел возбудить в Августейшем своём ученике сочувствие к самому предмету учения и, конечно, много способствовал в продолжение истекшего года к просвещению его разума и к укреплению нравственных его сил». Наследник в благодарность подарил В.Д. Кудрявцеву-Платонову свой парадный портрет с дарственной подписью. В 1861 г. В.Д. Кудрявцев-Платонов получил предложение от министра народного просвещения графа Евфимия Васильевича Путятина перейти из Московской духовной академии в Санкт-Петербургский университет. В.Д. Кудрявцев-Платонов не отказался прямо, предоставив решение этого вопроса Филарету (Дроздову). В свою очередь, Филарет (Дроздов) просил графа Е.В. Путятина «не ослаблять философской кафедры Московской Духовной Академии».