Таким образом отказавшись от кафедр в университетах обеих столиц, В.Д. Кудрявцев-Платонов остался профессором Московской духовной академии. В 1869 г. был принят новый устав духовных академий. Изменения коснулись управления академиями и учебного плана, создавались отделения (богословское, историческое и практическое); были введены также новые требования к профессуре – ординарные профессора теперь были обязаны иметь докторскую степень. По новому уставу Московская духовная академия стала работать с 1870 г. В течение всего периода действия этого устава (до 1884 г.) В.Д. Кудрявцев-Платонов состоял в должности помощника ректора и возглавлял богословское отделение. После изменения учебного плана за В.Д. Кудрявцевым-Платоновым сохранилось преподавание метафизики, и добавилась логика (написанный курс лекций по логике не опубликован). В 1870–1871 гг. в журнале «Православное обозрение» В.Д. Кудрявцев-Платонов опубликовал докторскую диссертацию по основному богословию «Религия, её сущность и происхождение». В начале 1873 г. защитил диссертацию и был утверждён Святейшим Синодом в звании доктора богословия. В 1877 г. в связи с 25-летием службы в Московской духовной академии В.Д. Кудрявцев-Платонов был удостоен звания заслуженного ординарного профессора. В 1878 г. пожалован чином действительного тайного советника. С 1879 г. В.Д. Кудрявцев-Платонов состоял в редакционном комитете академической серии «Творения святых отцов в русском переводе». 26 сентября 1880 г., в день открытия Братства преподобного Сергия Радонежского, основанного членами преподавательской корпорации Московской духовной академии для вспомоществования малоимущим студентам академии, В.Д. Кудрявцев-Платонов был избран товарищем председателя совета этого Братства; в 1885 г. – председателем Братства (оставался в этой должности до конца жизни). В 1881–1882 гг. состоял в синодальном комитете по преобразованию духовных академий. Результатом реформы стало изменение академического устава и учебного плана. Благодаря влиянию В.Д. Кудрявцева-Платонова были сохранены три философские кафедры (метафизики и логики, психологии, истории философии) вопреки проекту по сокращению их числа. Реформированию подверглись также учебные планы и программы духовных семинарий. По поручению Святейшего Синода В.Д. Кудрявцев-Платонов составил новые программы философских наук, действовавшие вплоть до закрытия духовных школ после революции. Также написал учебники в соответствии с новыми программами: «Введение в философию» (1889 г.) и «Начальные основания философии» (1889–1890 гг.). В.Д. Кудрявцев-Платонов – кавалер орденов св. Владимира четвёртой степени (1874 г.), св. Станислава первой степени (1881 г.), св. Анны первой (1884 г.) и второй (1869 г.) степени. В.Д. Кудрявцев-Платонов имел слабое здоровье, страдал хроническим заболеванием дыхательных путей. Умер от воспаления лёгких. Похоронен на Вознесенском кладбище Сергиевского посада. Местонахождение могилы исследователям неизвестно. Согласно завещанию В.Д. Кудрявцева-Платонова, собрание его сочинений было издано Братством преподобного Сергия Радонежского в 1892–1894 гг. Часть сочинений осталась в рукописях.