Настоятель и насельники бернского монастыря доминиканцев признали истинными видения юноши Йоханна Йетцера, приняли его в число братии и вслед за ним стали отрицать учение о непорочном зачатии Пресвятой Богородицы и нападать на францисканцев, сторонников этого учения. По настоянию городских властей был начат длительный судебный процесс, в ходе которого назначенная папой Юлием II судейская коллегия приговорила четырёх руководителей монастыря к сожжению как еретиков. В документах процесса сохранились два письма Фомы Каэтана городскому совету Берна, в которых он, признавая необходимость расследования, ходатайствовал о том, чтобы к монахам было проявлено снисхождение, т.к. если они и учили чему-то превратному, то не по злому умыслу, а по простоте и необразованности. Фому Каэтана упрекали в том, что он не воспрепятствовал вынесению приговора собратьям по Ордену, однако он никак не мог повлиять на исход процесса, который вели папские судьи. В 1510 гг. Фома Каэтан продолжал работать над комментарием к «Сумме теологии», а также составил несколько небольших трактатов, в которых рассматривал церковно-канонические вопросы. Самым значительным произведением Фомы Каэтана этого периода стало опубликованное в 1510 г. во Флоренции философское сочинение «Комментарии к книгам “О душе” Аристотеля» («Commentaria in libros Aristotelis De anima», 1509 г.). В трактате Фома Каэтан отказался от использования старого латинского перевода сочинения Аристотеля, считая его неточным, и тем самым косвенно поставил под сомнение классические схоластические интерпретации этого трактата, в том числе и комментарии Фомы Аквинского. Выражая общее мнение падуанской философской школы, Фома Каэтан заявлял, что у Аристотеля отсутствует учение о бессмертии индивидуальной души. По позднейшему утверждению Спины, сразу же после выхода трактата среди доминиканцев возник раскол в вопросе о том, как относиться к его содержанию, т.к. многие считали, что Фома Каэтан изменил томизму, заявив о принципиальной невозможности построения рационального доказательства бессмертия души. Однако вследствие занимаемого Фомой Каэтаном высокого поста в открытую полемику с ним никто не вступал до тех пор, пока тема бессмертия души не стала широко обсуждаться богословами в связи со спорами вокруг учения Помпонацци во второй половине 1510 гг. В 1519 г. Спина, ставший основным католическим оппонентом Помпонацци, издал небольшой трактат «Защита [учения] Аристотеля о бессмертии души против Фомы Каэтана» («Propugnaculum Aristotelis de immortalitate animae contra Thomam Caietanum»), в котором упрекал Фому Каэтана в том, что его сочинение проложило путь для еретического учения Помпонацци. Сходные упрёки в адрес Фомы Каэтана впоследствии высказывали и другие томистские богословы, в том числе его учитель Валентино да Камерино, который в сохранившемся схоластическом «вопросе» критиковал позицию Фомы Каэтана и предпринимал попытку обосновать традиционное представление о том, что у Аристотеля есть философское учение о бессмертии души. В действительности выдвинутые против Фомы Каэтана обвинения в приверженности аверроизму и в проистекающем из этого еретическом учении о душе были, по мнению исследователей, несправедливыми и свидетельствовали лишь о непонимании оппонентами его позиции.