Вместе с тем в ходе той же сессии Фома Каэтан косвенно выразил своё неудовольствие, заявив «non placet» (неугодно, т.е. голос против) в отношении требования буллы, «чтобы все преподаватели философии, объясняя те философские принципы и заключения, в которых содержится отступление от истинной веры..., всеми силами стремились сделать ясной истинность христианской религии... и со всем усердием разрушали и опровергали аргументы такого рода философов». По мнению Фомы Каэтана, такое предписание вменяло философам задачу теологов и могло привести к смешению предмета и задач двух различных наук. Хотя возражение не имело практических последствий, сам факт публичного выступления Фомы Каэтана против папского текста свидетельствует как о его высоком авторитете церковного администратора и теолога, так и о важности для него философии в качестве автономной науки, которая, по его убеждению, в своих границах должна обладать исследовательской свободой. Фома Каэтан принимал участие в заключительных четырёх сессиях Латеранского собора, проходивших с большими перерывами с 1514 по 1517 гг., однако в деяниях Собора исследователи не нашли сведений о каких-либо его последующих выступлениях. По просьбе папы Льва X во время работы Собора Фома Каэтан написал трактат «О зачатии Пресвятой Девы Марии» («De conceptione Beatae Mariae Virginis», 1515 г.), в котором рассматривал альтернативные позиции: «доминиканскую», согласно которой Пресвятая Богородица была «очищена» (mundata) от первородного греха, и «францисканскую», согласно которой Она была «предохранена» (praeservata) от него. Признавая первое мнение более обоснованным, чем второе, которое он, тем не менее, называл «допустимым» («tolerabilis»), Фома Каэтан оставлял окончательное решение за папой (однако вопрос о непорочном зачатии так и не был поднят на Соборе). По свидетельству приора августинцев-еремитов Эджидио да Витербо (1465–1532 гг.), Фома Каэтан принимал деятельное участие в разгоревшемся в 1515 г. между девятой и одиннадцатой сессиями Собора споре между епископами и представителями монашеских Орденов. Епископы потребовали от папы Льва X издать буллу, отменявшую многие привилегии монахов, данные им прежними папами; руководители монашеских Орденов в ответном документе, одним из авторов которого был Фома Каэтан, настаивали на своих правах. После длительных переговоров был согласован текст папской буллы «Dum intra mentis arcana», одобренный на одиннадцатой сессии Собора (хотя монахам пришлось пойти на значительные уступки и признать права диоцезальных епископов, основные привилегии монашеских Орденов были сохранены). В конце июня 1517 г., желая ослабить позиции своих противников из числа кардиналов, папа Лев X добился от консистории кардиналов согласия на назначение 31 нового кардинала. Их имена папа объявил на тайной консистории 1 июля 1517 г.; 3 июля состоялась открытая консистория, в ходе которой избранные были возведены в кардинальское достоинство. В число назначенных Львом X кардиналов вошли главы трёх монашеских Орденов: Фома Каэтан – генеральный магистр доминиканцев, а также генерал францисканцев и генеральный приор августинцев-еремитов.