Проводя сравнение между небесным и земным градами, Фома Каэтан отмечал, что земная церковь призвана быть отображением небесной, вследствие чего все её члены сообща должны стремиться к святости, миру и покорности Богу. Говоря о месте папы Римского в церкви, Фома Каэтан отмечал: «Как в небесном Иерусалиме... есть лишь один Господь – Иисус Христос, так и в нашем Иерусалиме... есть лишь один правитель (princeps) – викарий Христа и верховный понтифик». Упоминая о «пизанской лжецеркви», отказавшейся от повиновения папе Римскому, Фома Каэтан замечал, что она «не с неба сошла, но скорее из ада поднялась», поскольку в ней извращён небесный порядок управления, и нет никакого мира и согласия, вследствие чего она должна считаться не «градом Божьим», но «градом и башней Вавилонской». Напротив, присутствующая на Латеранском соборе в лице представляющих её иерархов католическая церковь, по словам Фомы Каэтана, «сошла с неба во главе с единым высшим викарием единого Христа». Говоря о задачах Собора, исполнение которых позволило бы ему стать в один ряд с наиболее славными Соборами христианской церкви, Фома Каэтан отмечал, что все христиане ждут от Собора «реформирования Церкви, исправления нравственного упадка, подавления всякого раскола, обращения неверных, исправления еретиков, установления надлежащих законов и порядков, которые служили бы ко благу вселенской христианской веры». Признавая, что многое в церковной жизни нуждается в исправлении, Фома Каэтан призывал папу, «владеющего двумя мечами» (см. ст. Двух мечей теория), возглавить общее дело освобождения церкви от недугов и, очистив её, царствовать над ней с милосердием ради всеобщего мира. Соединяя в своей речи богословские умозрения с практическими призывами к участникам Собора, Фома Каэтан стремился показать, что конкретные вопросы церковного устройства могут быть правильно решены лишь в том случае, если принимаемые постановления проистекают из понимания богочеловеческой природы церкви и имеют целью общее благо всех верующих. После перерыва, связанного с кончиной папы Юлия II и интронизацией папы Льва X, заседания Латеранского собора возобновились под председательством нового папы; состоявшиеся в апреле и в июне 1513 г. шестая и седьмая сессии были, главным образом, посвящены организационным вопросам. На восьмой сессии Собора 19 декабря 1513 г. участниками был принят документ, направленный против аверроизма, сохранявшего популярность в итальянских университетах. В одобренной Собором булле папы Льва X «Apostolici regiminis» утверждалось католическое учение о природном бессмертии души и отвергалась теория двойственной истины (см. ст. Двойственной теории истина), которую аверроисты использовали для того, чтобы ввести теорию смертности и разрушимости души как «философскую истину», не зависящую от решения этого вопроса в христианском богословии. Хотя содержавшееся в булле утверждение о том, что бессмертие души является не только предметом веры, но и рациональной истиной, отчасти противоречило взглядам Фомы Каэтана, выраженным в ранее опубликованных сочинениях, он не выдвигал возражений против него.