Фома Каэтан заявлял, что, хотя получение индульгенций способствует спасению, оно в отличие от церковных таинств не является необходимым для спасения. Однако даже если признать, что доступ к «сокровищнице заслуг» Христа может быть получен не только через индульгенции, из этого, по убеждению Фомы Каэтана, нельзя делать вывод о принципиальной недопустимости индульгенций, который делали лютеране. Согласно Фоме Каэтану, получение индульгенции ни в коем случае не должно восприниматься как освобождение от обязанности приносить Богу покаяние и заглаживать совершённое зло добром: индульгенция освобождает от необходимости совершать некие дела как удовлетворения за грех, однако человек призван продолжать совершать эти дела в качестве «лекарства от страстей». Кроме того, Фома Каэтан настаивал на том, что индульгенции не могут быть единственным средством спасения: содержащаяся в них благодать восполняет то удовлетворение, которое человек должен принести Богу за грехи, но не заменяет его целиком. Согласно Фоме Каэтану, благодать индульгенций ничего не даёт человеку, если у него нет необходимого «покаянного расположения» души: «Индульгенции не приносят пользы тем, кто, пребывая в благодати, пренебрегают принесением удовлетворения за самих себя, поскольку таковые недостойны индульгенции..., поэтому необходимо, чтобы они сделали сами себя достойными [вменения] чужого удовлетворения». Во время дискуссии с М. Лютером Фома Каэтан не выступал прямо с критикой торговцев индульгенциями, ограничиваясь косвенными указаниями на несостоятельность предлагавшегося ими учения о лёгком и мгновенном спасении. Вместе с тем в поздних сочинениях Фома Каэтан высказывал недвусмысленно негативное отношение к злоупотреблениям, связанным с продажей индульгенций. Так, комментируя в 1529 г. содержащееся во Втором послании Петра упоминание о любостяжателях (2 Петр. 2:3), он отмечал, что оно напрямую относится к продавцам индульгенций, и называл их «проповедниками обогащения». По словам Фомы Каэтана, они «злоупотребляют благочестием христианского народа ради наживы», предлагая придуманное ими учение, «будто люди, приобретшие за дукат так называемую полную индульгенцию («indulgentia plenaria»), становятся такими, как если бы они только что приняли крещение, а душа [умершего] сразу же освобождается из чистилища». Отвергая такое учение об индульгенциях, Фома Каэтан решительно объявлял, что «христианская вера не знает подобных вымыслов». Таким образом, будучи не в силах изменить распространённую практику торговли индульгенциями, Фома Каэтан стремился дать такую богословскую трактовку природы индульгенций, при которой все попытки злоупотреблений стали бы бессмысленными. Избранный Фомой Каэтаном метод лёг в основу того пути, который был избран теологами католической церкви для решения неизменно вызывавшего многочисленные соблазны вопроса об индульгенциях в XX в.: в определяющей современное учение католической церкви об индульгенциях апостольской конституции папы Павла VI (1963–1978 гг.) «Indulgentiarum doctrina» (1967 г.) основной акцент сделан на их духовном и экклезиологическом смысле как благодатных даров Божьих земной церкви (см. ст. Индульгенция).