Фома Каэтан в комментариях недвусмысленно выступал против аверроистской теории двойственной истины и заявлял, что учение о смертности души «признается на основании веры (ex fide) ложным», поэтому оно не может следовать из истинных принципов философии. Хотя Аристотель отрицал бессмертие души, это, по мысли Фомы Каэтана, свидетельствует не о том, что учение о смертности души является философски истинным, а исключительно о несовершенстве и об ошибочности философских основоположений Аристотеля, лежащих в основании его вывода, который должен быть признан ложным с точки зрения христианского богословия, обладающего более высоким авторитетом, чем философствующий разум. Таким образом, Фома Каэтан считал, что философия не может доказать смертность души, как не может доказать и её бессмертие; незадолго до смерти, комментируя «Книгу Екклесиаста», он писал: «Ни один философ до сих пор не доказал, что человеческая душа бессмертна, и, по-видимому, нет никакого доказательства и обоснования этого, так что мы веруем в это верой и воспринимаем как согласующееся с правдоподобными доводами (rationes probabiles)». Начиная с 1511 г. Фома Каэтан принимал участие в событиях, связанных с подготовкой и проведением пятого Латеранского собора (1512–1517 гг.). Недовольные отказами папы Юлия II созвать Собор католической церкви для обсуждения необходимых церковных реформ, король Франции Людовик XII и императора Священной Римской империи Максимилиан I (1508–1519 гг.) санкционировали проведение не зависимого от папы Собора в Пизе, который его сторонники называли вторым Пизанским собором (см. в ст. Пизанские соборы), а римские противники презрительно именовали Пизанским сборищем (conciliabulum). Принять участие в Соборе согласились несколько кардиналов, около 20 французских епископов, а также ряд итальянских и французских богословов. Среди участников Собора, о созыве которого было объявлено в мае 1511 г. и который начал работу 1 ноября того же года, господствовали идеи галликанизма и концилиаризма (см. ст. Соборное движение). Разделяя взгляды теоретиков концилиаризма XVI в., в том числе Пьера д'Айи (1350–1420 гг.) и Жана Жерсона (1363–1429 гг.), богословы Собора во главе с Дзаккарией Феррери (1479–1524 гг.) учили о подвластности Римского папы вселенскому Собору католической церкви и о праве такого Собора низлагать недостойного папу за определённые грехи или заблуждения. Узнав о созыве Пизанского собора, Фома Каэтан сразу же выступил в поддержку папской власти. Он запретил членам Ордена принимать участие в Соборе и послал в Пизу двух опытных монахов-доминиканцев, на которых возложил обязанность при любой возможности выступать с проповедями, направленными на создание среди духовенства и в народе негативного отношения к Собору. С санкции Фомы Каэтана доминиканский монастырь Санта-Катерина в Пизе стал центром, вокруг которого объединялись сторонники папы Юлия II; проповеди монахов имели успех и впоследствии послужили одной из причин перенесения заседаний Собора из Пизы в Милан. В это же время Фома Каэтан начал работать над сочинением, посвящённым обоснованию высшего папского авторитета в католической церкви.