Трактат был завершён к 12 октября 1511 г. и вскоре опубликован в Риме под заглавием «Сравнение авторитета Папы и Собора, или Церкви» («Auctoritas Papae et Concilii, seu Ecclesiae comparata»). В нём Фома Каэтан приводил богословские, исторические, канонические и рациональные аргументы в пользу того, что папская власть есть высшая законная власть в церкви, установленная Самим Иисусом Христом. Подробно обсуждая вопрос о суде над папой, Фома Каэтан считал проповедь папой еретических взглядов единственным законным обстоятельством, при котором Собор вправе низложить и судить папу. Даже небольшая уступка приверженцам концилиаризма не осталась незамеченной среди сторонников абсолютной папской власти: в феврале 1512 г. пользовавшийся широкой известностью как в народе, так и среди европейской знати монах аббатства Валломброза Анджело Фонди (ум. около 1530 г.) опубликовал открытое письмо папе Юлию II, в котором в резких выражениях обвинял Фому Каэтана в измене папству, утверждая, что судить папу даже за предполагаемую ересь может один только Бог. Участникам Пизанского собора, заседания которого к этому времени были перенесены в Милан, трактат Фомы Каэтана стал известен уже к концу 1511 г.; 10 января 1512 г. они отправили текст в Парижский университет с сопроводительным письмом, в котором просили парижских теологов вынести «доктринальное определение» и осудить «заблуждения» Фомы Каэтана, «человека дерзкого и опасного». 19 февраля 1512 г. король Людовик XII поддержал просьбу Собора и в особом письме потребовал от теологов составить официальное суждение о книге Фомы Каэтана, «содержащей многочисленные серьёзные и опасные заблуждения». В Парижском университете была образована комиссия для изучения сочинения Фомы Каэтана, однако к единому мнению теологам прийти не удалось; преподававший в то время в Париже итальянский гуманист Джироламо Алеандер (1480–1542 гг.) в письме Эразму Роттердамскому (ум. в 1536 г.) сообщал, что был свидетелем ожесточённых споров во время одного из заседаний комиссии. В «Анналах» хрониста Одорико Райнальди (1595–1671 гг.) сообщается, что король, не дождавшись решения теологов, приказал публично сжечь книгу Фомы Каэтана (хотя эти сведения нередко повторялись в последующей литературе, документальное подтверждение такого королевского распоряжения отсутствует). Из-за невозможности составить общее осуждение ответы на трактат Фомы Каэтана стали создавать отдельные парижские учёные, симпатизировавшие идеям концилиаризма. Уже в мае 1512 г. молодой богослов и канонист Жак Альмен (ум. в 1515 г.) издал сочинение «Об авторитете Церкви, или представляющих её священных Соборов, против доминиканца Фомы де Вио» («Libellus de auctoritate Ecclesiae seu sacrorum Conciliorum eam repraesentantium... contra Thomam de Vio Dominicanum», 1512 г.). Фома Каэтан незамедлительно взялся за написание ответного трактата «Апология сравнения авторитета Папы и Собора» («Apologia de compararta auctoritate Papae et Concilii»), который был завершён 29 ноября 1512 г., однако публикация состоялась лишь в 1514 г.