Впоследствии против позиции Фомы Каэтана выступил ещё один парижский учёный, Джон Мейджор (Мейер; около 1467 – 1550 гг.), философ, богослов и историк, последователь Иоанна Дунса Скота. В «вопросах» о папской власти, включённых им в «Комментарий к “Сентенциям” Петра Ломбардского» и «Комментарий на Евангелие от Матфея», Дж. Мейджор подвергал разбору аргументы Фомы Каэтана, не называя его по имени. Комиссия парижских теологов продолжала обсуждать трактат Фомы Каэтана до 1516 г., когда король Франции Франциск I (1515–1547 гг.), заключивший примирительный Болонский конкордат с папой Львом X, потребовал прекратить рассмотрение книги и не выносить в отношении её никакого решения. Поступавшие в Рим сведения о деятельности покровителей и предполагаемых участников Пизанского собора подвигли папу Юлия II принять срочные ответные меры: ещё до начала заседаний Пизанского собора он в подписанной 18 июля и обнародованной 25 июля 1511 г. булле «Sacrosanctae Romanae Ecclesiae» объявил о созыве Латеранского собора, который должен был начать работу 19 апреля 1512 г. Кроме того, в булле содержались угрозы применить церковное отлучение ко всем духовным и светским лицам, а также к городам, которые поддержат выступление Пизанского собора против папской власти. Угрозы и обещания папы достигли своей цели: все европейские правители, за исключением короля Людовика XII, одобрительно восприняли инициативу папы и дали обещание содействовать успешному созыву Собора и его работе. При подготовке Латеранского собора папа Юлий II приложил значительные усилия для того, чтобы сделать его максимально представительным. В заседаниях Собора, который открылся 3 мая 1512 г., приняли участие больше 400 епископов и представителей высшего католического духовенства, съехавшихся из всех католических государств, что выгодно отличало его от малочисленного и «французского» по составу участников Пизанского собора (это ставил ему в упрёк и Фома Каэтан), который к концу 1512 г. прекратил работу. Как генеральный магистр Ордена доминиканцев, Фома Каэтан по должности входил в состав участников Латеранского собора. Несколько первых сессий были посвящены рассмотрению деятельности Пизанского собора. На заседаниях второй, третьей и четвёртой сессий Собор одобрил папские буллы, в которых осуждались все деяния Пизанского собора, отлучались от католической церкви как схизматики и еретики все участвовавшие в Пизанском соборе кардиналы; на нежелающих покоряться папе Римскому католиков Франции налагался интердикт. Во время второй сессии, 17 мая 1512 г., Фома Каэтан выступил перед участниками Собора с речью, в которой, опираясь на содержание ранее созданного трактата, восхвалял папскую власть как единственную законную власть в церкви, представляющую на земле небесную власть Иисуса Христа, и заявлял о нелегитимности любого церковного Собора, созванного без воли папы. Для иллюстрации своих идей Фома Каэтан использовал в качестве символа христианской церкви образ «святого города Иерусалима... сходящего от Бога с неба» (Откр. 21:2), стремясь с его помощью показать, что законы устройства церкви являются не человеческим измышлением, но не подлежащим изменению божественным установлением.