В период управления Фомой Каэтаном были образованы две новые провинции Ордена: 10 октября 1514 г. папа Лев X утвердил создание провинции Бетика, отделённой от провинции Испания; 2 июля 1515 г. была создана провинция Нижняя Германия. Особую заботу Фома Каэтан проявлял по отношению к конгрегациям, объединявшим монастыри обсервантов; он неизменно защищал их от нападок и претензий провинциалов Ордена, всеми возможными способами поддерживал добровольный переход монастырей к полному соблюдению устава, добивался папского разрешения на выведение монастырей из подчинения провинциям и включение в соответствующие конгрегации. Значительный интерес Фома Каэтан проявлял к экспедициям испанских и португальских мореплавателей в Новый Свет, неоднократно давая указания провинциалам добиваться включения в состав экспедиций доминиканцев-миссионеров. Весьма сложной проблемой, постоянно требовавшей внимания Фомы Каэтана, было широкое распространение среди монахов мистических и апокалиптических настроений, которые приводили к появлению «визионеров» и «пророков», активная деятельность которых вызывала смущение среди верующих и провоцировала светские и церковные власти к вмешательству в дела Ордена. Наиболее показательным исследователи считают случай знаменитого флорентийского проповедника-доминиканца Джироламо Савонаролы (1452–1498 гг.). Несмотря на казнь Савонаролы, среди подчинённых Фоме Каэтану флорентийских монахов оставалось значительное число его последователей Джироламо Савонаролы, распространявших его сочинения и учение, что привело к разделению флорентийских доминиканцев на две противоборствующие партии. Фома Каэтан занял нейтральную позицию, во время визита во Флоренцию в 1509 г. в письме призвав противоборствующие стороны положить конец разделению, не приличествующему монахам. Проявляя терпимость по отношению к внутренним убеждениям монахов, Фома Каэтан вместе с тем решительно запрещал любые внешние действия, которые могли привести к смущению; так, в направленном конгрегации монастыря Сан-Марко распоряжении от 22 октября 1509 г. Фома Каэтан предписывал, чтобы «никто не пересказывал никому никаких видений, откровений или пророчеств, – ни приватно, ни публично, ни общих, ни частных, ни своих, ни чьих-то ещё». Если некто уверен, что его пророчество истинное, ему следует втайне сообщить его приору или генеральному викарию и подчиниться их суду. Подобным образом Фома Каэтан поступал и в других случаях, пытаясь не допустить распространения «видений» в народе и смуты; так, получившую известность в Испании монахиню-визионерку Марию из монастыря Санто-Доминго и её ближайших учеников Фома Каэтан распорядился расселить по разным отдалённым монастырям, ограничив их контакты с внешним миром. О том, сколь плачевные последствия могло иметь неконтролируемое распространение слухов о видениях и пророчествах, свидетельствует ситуация, сложившаяся в Берне в 1507–1508 гг., когда Фома Каэтан исполнял обязанности викария Ордена.