В 1581 г. над мощами святого уже стояла деревянная часовня, у раки преподобного собирались пожертвования. В описи Новоезерского монастыря 1581 г. иконы Кирилла не упоминаются. В описи 1614 г. зафиксированы две иконы преподобного: местный образ в Воскресенской церкви и икона-пядница в часовне. В 1612 г., когда обитель испытывала материальные трудности, средства собирали у населения ближайшей округи с некой иконой, возможно, с образом Кирилла: «Да Ондрей старец с образом собрал о чюдотворцове памяте» (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В 1626 г. по монастырскому заказу были написаны четыре иконы Кирилла, по мнению исследователей «раздаточные» (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). Согласно описи 1628 г., на раке святого находилась его икона – вклад князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского (Государственный исторический музей). В чуде, датированном декабрём 1627 г., рассказывается: когда во время служения молебна у мощей преподобного подняли помост, чтобы, согласно установившейся практике, взять «персть», от мощей изошёл «благовонный дым», видимый всеми собравшимися; одновременно совершились исцеления, о которых сообщили в Москву. Царь и патриарх поручили освидетельствовать чудо Ростовскому митрополиту Варлааму, а тот, в свою очередь – настоятелю Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря игумену Филиппу. Все свидетельские показания были посланы в Ростов, затем в Москву. По мнению исследователей, из Москвы пришло разрешение на установление почитания Кирилла: в 1631 г. царь Михаил Фёдорович дал вклад в монастырь – покров на гробницу святого. С начала 1630 гг. списками Жития и иконами святого стали благословлять монастырских вкладчиков, в это же время память Кирилла была включена в месяцесловы Кириллова Белозерского монастыря. Исследователи полагают, что служба Кириллу была внесена в кирилловские обиходники при келаре Матфее (Никифорове): в принадлежавшем ему списке Устава 4 февраля указана полиелейная служба: «Поем Кирилу, чюдотворцу Новозерскому, без литии» (Российская национальная библиотека, середина XVII в.). В 1646 г. служба и память Кирилла вошли в изданные московским Печатным двором Служебную Минею и святцы. В ноябре 1649 г. в ходе строительства в Новоезерском монастыре на средства боярина Бориса Ивановича Морозова нового каменного храма состоялось обретение мощей Кирилла. Этому событию предшествовало редактирование его Жития (создание позднего варианта Основной редакции) и службы (создание бденной редакции). Мощи были освидетельствованы Вологодским архиепископом Маркеллом, который положил на гробницу покров и икону с изображением преподобного (Череповецкое музейное объединение). 20 октября 1652 г. князь Илья Данилович Милославский пожертвовал на гробницу святого лицевой покров (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В 1652 г. мощи были перенесены во вновь отстроенный Воскресенский храм. В 1661 г. на средства Б.И. Морозова изготовили деревянную раку с позолотой. Этому событию предшествовало, по мнению исследователей, создание Слова на обретение мощей Кирилла, в котором прославлялся не только преподобный, но и Б.И. Морозов.