В правление короля Стефана Душана сформировались особенности иконографии Климента Охридского под влиянием Охридского архиепископа Николая, который после назначения на кафедру (около 1334 г.) построил в Охриде церковь во имя св. Николая Больничного: на южной стене наоса храма, расписанного в 1335–1336 гг., Охридский архиепископ пожелал увидеть рядом со своим небесным патроном покровителя Охрида Климента Охридского и его чтимого святого великомученика Пантелеимона. Впоследствии изображение почитавшегося чудотворцем Климента Охридского в паре со святителем Николаем Чудотворцем исследователи встречали в росписях XIV–XV вв. ряда охридских храмов. Причём образы этих святителей занимают особое место: они включены в ктиторские композиции или в отдельные сцены. Например, в церкви святых Константина и Елены в Охриде (конец ХIV в.) Климент Охридский и святитель Николай Чудотворец изображены на южной стене в наосе на патрональной фреске рядом с равноапостольными Константином и Еленой. В церкви Пресвятой Богородицы Больничной в Охриде (около 1400 г., второй слой фресок) сохранились фрагменты (утрачены головы фигур) сцены, близкой к композиции в церкви святых Константина и Елены в Охриде: на южной стене наоса к Клименту Охридскому и святителю Николаю Чудотворцу молитвенно обращается ктитор храма – неизвестный архиепископ Охрида. Изображения Климента Охридского со святителем Николаем есть в пещерной церкви архангела Михаила в селе Радожда близ города Струги (конец ХIV в.; атрибуция Д. Барджиевой-Трайковской) – в рост в первой зоне на западной стене наоса, а также в церкви Пресвятой Богородицы Больничной в Охриде (1360 гг.). На фреске в церкви Пресвятой Богородицы в селе Велестово близ Охрида (1444 г.) Климент Охридский и святитель Николай предстоят Богородице с Младенцем. Традиционным становится изображение вместе с Климентом Охридским его сподвижника, равноапостольного Наума Охридского: на фреске в храме с первоначальным посвящением Клименту Охридскому (церковь св. Климента Старого, Охрид, 1378 г.) они представлены на южной стене наоса возле алтаря вместе со святителм Николаем Чудотворцем. Тот же состав святых – на южной стене наоса, рядом с изображением «Христос Судия», в церкви Пресвятой Богородицы Заумской на берегу Охридского озера (1361 г.). На включение образа Климента Охридского в патрональные композиции повлияла традиция почитания святого как небесного покровителя Охрида и Охридской архиепископии. Наиболее ярко такое представление о Клименте Охридском отражает образ в церкви святых Космы и Дамиана (Малые св. Врачи) в Охриде (около 1350 г.), расписанной Иоанном Теорианосом с помощником.