Впервые определение «Охридский» исследователи встречают в надписи к образу Климента Охридского в алтарном пространстве церкви во имя святителя Николая Чудотворца в селе Манастир, расписанной в 1271 г. под руководством диакона Иоанна, «референдария пресвятой архиепископии» Охридской. Идентификацию образа Климента Охридского в церкви апостола Иоанна Богослова (Канео) в Охриде (конец ХIII в.), расположенного на фризе алтарной конхи, подтверждает соседство с образами священномученика Еразма, епископа Формии, и святителя Константина Кавасилы. С XIV в. изображение Климента Охридского в алтарной зоне среди других архиереев становится традиционным. Исследователям известны варианты включения его образа в сцену литургисующих святителей – «Поклонение Жертве», например, в церкви святителя Афанасия Великого «ту Музаки» (1383/1384 г.), в церкви великомученика Димитрия Маркова монастыря в Скопье (1376–1381 гг.) и предположительно в церкви апостола Андрея на Треске близ Скопье (1388–1389 гг.), в церкви св. Илии в селе Долгаец близ Прилепа (1454–1455 гг.), в церкви святителя Николая Чудотворца в селе Буриловци (конец ХV в.). Нередко Климента Охридского изображают в ряду святителей в жертвеннике (например, в церкви Пресвятой Богородицы в селе Матка близ Скопье (1496–1497 гг.) – на северной стене, во второй зоне; в диаконнике – св. Кирилл Философ) или в диаконнике (например, в церкви Пресвятой Богородицы в монастыре Матейче (1350–1360 гг.), рядом со св. Вавилой, епископом Антиохийским, и св. Климентом Анкирским). Образ Климента Охридского в церкви святителя Николая в селе Псача близ Крива-Паланки (между 1365 и 1371 гг.) расположен над входом в диаконник; святой изображён фронтально, в архиерейском облачении; в росписи также представлены особо почитаемые на Балканах святые Иоаким Осоговский (Сарандапорский) и Ахиллий Ларисский, Савва Сербский и Симеон Неманя. В алтаре Климент Охридский представлен также в церкви в селе Пласница близ Кичева (1484 г.). По мнению исследователей, на изображения святого, появившиеся в XIV в., оказал влияние образ Климента Охридского в росписи церкви Пресвятой Богородицы Перивлепты в Охриде (1294–1295 гг.) работы Михаила Астрапы и Евтихия. Художники изобразили святителя на северной стене наоса (рядом с иконостасом) в паре с составителем канона в его честь – святителем Константином Кавасилой. Напротив, на южной стене, – апостол Пётр, который попирает фигуру, олицетворяющую ад, а на плечах держит храм – образ церкви Христовой, подчёркивавший автокефальный статус Охридской архиепископии после заключения в 1274 г. Лионской унии. Ряд изображений Климента Охридского появился после обретения его мощей. В этот период был перестроен и, как полагают исследователи, расписан возведённый Климентом Охридским храм во имя великомученика Пантелеимона в Охриде. В процессе археологических раскопок исследователи обнаружили фрагменты композиции посвятительного характера. Исследователи предполагают, что на фреске изображены эпирский владетель Феодор Комнин Дука и его рано умерший сын Димитрий, над которым помещён поясной образ благословляющего Климента Охридского в небесном сегменте (сохранилась надпись, датирующая сцену 1321 или 1331 г.).