При поддержке городов Марсель, Авиньон и Тараскон уже к 1217 г. Раймону VI и его сыну Раймону VII с помощью арагонских рыцарей удалось отвоевать все земли, захваченные крестоносцами. Летом 1218 г. при осаде Тулузы погиб Симон де Монфор. Второй этап так называемых альбигойских войн связан с новым Крестовым походом, объявленным папой Гонорием III в 1222 и 1223 гг. В военной кампании принял участие французский король Людовик VIII. В 1226 г. его войска, подавив незначительное сопротивление, практически полностью заняли юг Франции. В 1229 г. был подписан мирный договор в Мо (с небольшими изменениями подтверждён в Париже). Граф Раймон VII сохранил значительную часть своих владений, однако становился вассалом короля Людовика VIII, после его смерти земли Тулузского графства и другие владения отходили французскому монарху. Вторжение крестоносцев в Лангедок сопровождалось кровавыми расправами как с катарами, так и с сепаратистски настроенными горожанами-католиками. Превращение катаризма в религиозный символ южнофранцузской автономии способствовало консолидации катарских общин, которые, впрочем, перешли на подпольное положение. В 1230 гг. в Южной Франции появились два новых катарских «епископства» – в Разесе и Ажене. Четвёртый Латеранский собор обязал светских правителей бороться с еретиками всеми доступными способами. На территории Священной Римской империи проводником постановлений Собора стал император Фридрих II, который издал законы против еретиков. В Южной Франции короли поддерживали деятельность инквизиции (в 1233–1235 гг. действия инквизиторов привели к восстаниям в Нарбоне, Альби и Тулузе). Убежищем для катаров стали итальянские (прежде всего, Милан) и каталонские города. На севере Италии коммуны активно сопротивлялись введению инквизиции, поднимали восстания. Преодолеть сопротивление городов и распространить действие инквизиции на Италию папам Римским удалось лишь в середине XIII в. Действия инквизиции и регулярных войск ослабили влияние катаров в Южной Франции. В 1230 гг. «епископы» катаров были вынуждены искать убежище в неподконтрольных графу Раймону VII и французскому королю замках и остались в итоге в крепости Монсегюр под защитой её владельца Раймона де Переля. В 1244 г., после долгой осады, замок был взят. Лидеры катаров частично переселились в Италию. До 1270 гг. в небольших посёлках и деревнях продолжали полулегально существовать общины еретиков. В конце XIII в. братья Пьер и Гийом Отье попытались возродить несколько общин. К 1310 г. сохранявшиеся очаги ереси катаров были выявлены и разгромлены инквизицией. В Италии во второй половине XIII в. движение катаров также ослабло. К концу века общины катаров существовали в Милане, Генуе, Вероне, Венеции, Болонье и во Флоренции; к 1320 г. они были уничтожены. С начала XIV в. многие катары искали убежище на Сицилии, где преследования не носили систематичного характера, однако и там общины были малочисленными и не играли заметной роли.