Первые попытки теоретического осмысления понятий «канон» и «каноничность» связаны с религиозным кризисом эпохи Реформации. Как сомнения Мартина Лютера в каноническом статусе ряда книг Нового Завета, так и анафематизмы Тридентского собора были констатацией разрыва в богословском сознании между понятиями «каноничность», «авторитет» и «аутентичность», который впоследствии только усиливался. Вместе с тем решения Собора сделали невозможным теологическое осмысление этого разрыва. Признание каноничности библейской книги должно было означать признание её аутентичности. Когда в 1678 г. Ришар Симон изложил гипотезу о происхождении текста Пятикнижия из разных документов («Histoire critique du Vieux Testament»), он высказал мысль о том, что для веры католической церкви историческое изучение Библии не принесёт никакого вреда, ибо Священное Писание не является единственным источником вероучения, и ему не придаётся такое же значение, как у протестантов. Эта идея не получила одобрения Папского престола, и работа Ришара Симона была включена в «Индекс запрещённых книг». Серьёзная постановка вопроса о содержании понятия «каноничность» стала возможной только после кризиса, вызванного доминированием историко-критического подхода к изучению Священного Писания (от Вильгельма Мартина Либрехта Де Ветте до Юлия Велльгаузена). Поскольку до Нового времени понятия «каноничность», «авторитет» и «аутентичность» применительно к книгам Священного Писания не противопоставлялись, и каждое из этих понятий с неизбежностью предполагало остальные, то пафос библейско-критического подхода стал пафосом отрицания каноничности и вероучительного авторитета библейских книг. Богословие впервые столкнулось с противопоставлением текста как актуального выражения веры общины и текста как исторического явления, с необходимостью разграничить аутентичность текста и его каноничность. Новые проблемы потребовали развёрнутого теоретического осмысления понятий «канон» и «каноничность», которое стало необходимым условием построения любой исагогической системы. История развития представлений о библейском каноне в XIX в. фактически совпадает с историей библейской критики (см. в статьях Библеистика, Герменевтика). Применение историко-критического метода поставило под сомнение аутентичность книг Ветхого Завета, что должно было означать нивелирование их канонического статуса, отказ от представлений о каноне как таковом. Ещё для Бенедикта (Баруха) Спинозы (1632–1677 гг.) задача критического изучения Библии заключалась не столько в стремлении к достижению научной истины, сколько в проверке достоверности тех источников познания, которые прежде считались непререкаемыми. У исследователей, применявших историко-критический метод, за научными разработками также стояли определённые богословские представления.