Придерживаясь в теории учения о «самодостоверности», на практике протестантские церкви приравняли свой канон Нового Завета к тому, который существовал в католической церкви к началу Реформации, а свой канон Ветхого Завета – к масоретскому, и в том и в другом случае опираясь на сложившуюся многовековую традицию (например, первая глава Вестминстерского исповедания). Роль канона в различных христианских церквах во многом зависит от того, как именно понимается отношение Писания и Предания. В протестантских церквах вопрос о том, входит или не входит тот или иной текст в библейский канон, играет решающую роль для вероучения, поэтому вопрос о границах библейского канона должен иметь ясное, однозначное решение; разночтения недопустимы. Однако там, где вероучение и религиозная практика определяются не только Писанием, но и церковным Преданием (в церкви первых столетий, в православной и католической церквах, в древних церквах Востока), вопрос о границах библейского канона, несмотря на его важность, менее значим, чем в классическом протестантизме. Нечёткость в определении границ новозаветного канона характерна для ранней церкви. Что касается Ветхого Завета, то эта нечёткость во многом продолжается до сих пор. Например, в стандартные издания Библии греческих православных церквей входит (правда, в качестве приложения) четвёртая Маккавейская книга и не входит третья Книга Ездры, в то время как в ветхозаветный канон РПЦ входит третья Книга Ездры и не входит четвёртая Маккавейская. Противопоставление канонических текстов всем остальным не обязательно означает полное равенство канонических текстов между собой. В еврейской традиции Тора, несомненно, важнее остальных книг Священного Писания. В христианстве Новый Завет (прежде всего, Евангелие) является смысловым центром Библии; именно в свете Нового Завета происходит истолкование Ветхого Завета. Огромную роль в формировании представления о библейском каноне сыграло книгопечатание: после появления печатных Библий библейский канон, по сути, был отождествлён с оглавлением Библии. Такое простое и наглядное понимание библейского канона было чуждо средневековому христианству: в Средние века библейские книги, как правило, переписывались отдельно или небольшими сборниками, включавшими лишь часть Библии (например, Пятикнижие, Восьмикнижие, Четвероевангелие, Апостол). В тех редчайших случаях, когда средневековые переписчики до наступления эпохи книгопечатания предпринимали попытки соединить все библейские книги в одном кодексе, в этот кодекс нередко включались также и книги, заведомо в библейский канон не входившие. Не подлежит сомнению, что подходить к средневековому христианству, древнему иудаизму или тем более к религии древнего Израиля библейской эпохи с тем понятием канона, которое выработалось в Новое время, после возникновения книгопечатания, в ходе полемики католиков и протестантов, было бы методологической ошибкой.