Возрождение Ипатиевского монастыря как православной обители около 15 лет происходило в сложной обстановке конфликта с руководством музея-заповедника. В местной и центральной прессе публиковались заявления различных общественных организаций и политических партий, деятелей культуры в защиту той или иной из сторон. Вероятно, одним из результатов этого противостояния стала трагедия 4 сентября 2002 г., когда по невыясненным причинам сгорела стоявшая в Новом городе уникальная деревянная Преображенская церковь из села Спас. 23 сентября 2003 г. архиепископ Александр (Могилёв) утвердил устав Костромского церковного историко-археологического музея (ЦИАМ), директором которого является наместник Ипатиевского монастыря. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер) трижды посещал Ипатиевский монастырь: 8 мая 1993 г., 25 июля 1994 г. (в связи с празднованием 250-летия Костромской епархии) и 30 августа 2002 г. (в связи с торжествами в честь 850-летия города и презентацией первых четырёх томов «Православной энциклопедии»). 14 июля 1994 г., возвращаясь из эмиграции, Ипатиевский монастырь посетил писатель Александр Исаевич Солженицын. На рубеже XX и XXI вв. возродилась и традиция посещения обители главами Российского государства. В обитель приезжали президенты РФ Борис Николаевич Ельцин (19 июня 1998 г.), Владимир Владимирович Путин (23 марта 2005 г.) и Дмитрий Анатольевич Медведев (15 мая 2008 г.). 2 сентября 2004 г. Росимущество по поручению Президента РФ издало распоряжение о передаче зданий и помещений Ипатиевского монастыря в ведение Костромской епархии. Епархии был передан весь комплекс зданий и строений обители (по распоряжению Росимущества от 30 декабря 2004 г.). 13 апреля того же года, в день памяти священномученика Ипатия Гангрского, между администрацией Костромской области и Костромской епархией было подписано соглашение о «совместном использовании» Тихвинской иконы Божьей Матери (в советское время образ хранился в запасниках музея, с 1993 г. находился в музейной экспозиции «Ризница Троицкого собора»). Накануне Пасхи 2004 г. Тихвинскую икону внесли в Троицкий собор обители и поместили в специально изготовленный дубовый киот в местном ряду иконостаса. В 2005 г. в Ипатиевский монастырь вернулась другая святыня – частица ризы Господней. После революции её хранили священнослужители; в 1990 г. протоиерей Павел Тюрин (настоятель Никольской церкви села Николо-Трестино Костромского района) передал её Костромскому епископу Александру (Могилёву). 4 ноября 2005 г. святыня была возвращена в обитель. В тот же день архиепископ Александр (Могилёв) освятил позолоченный крест на главу надвратного храма во имя святых Хрисанфа и Дарии. 15 ноября состоялось водружение креста. 1 апреля 2008 г. в храме Хрисанфа и Дарии была совершена первая с 1919 г. литургия, 6 апреля архиепископ Александр (Могилёв) совершил освящения этого храма. Весной 2006 г. на пожертвования принца Майкла Кентского (двоюродного брата английской королевы Елизаветы II и внучатого племянника императора Николая II) для Ипатиевского монастыря был отлит колокол «Царь Михаил» весом 500 пудов (8 тонн). 2 мая 2006 г. состоялась торжественная церемония освящения монастыря, 2 октября 2008 г. – закладка храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы. 18 мая 2007 г. в свечном корпусе открылась экспозиция ЦИАМ, на открытии которой выступил Председатель ОВЦС, митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев; с 2009 г. – Патриарх Московский и всея Руси). С 1993 г. наместником Ипатиевского монастыря был игумен (с 1995 г – архимандрит) Иероним (Тестин), с 9 ноября 1996 г. – иеромонах (с 1997 г. – игумен, с 1998 г. – архимандрит) Павел (Фокин). С 13 мая 2004 г. наместником был архимандрит Иоанн (Павлихин). В феврале 2011 г. в монастыре проживало около десяти насельников.