В 1841–1842 гг. по проекту К.А. Тона стены наместнических келий, в которых в 1613 г. проживал Михаил Фёдорович Романов, раскрасили «в шахмат», с лицевого фасада к зданию пристроили каменное с чугунной лестницей крыльцо. После посещения обители в 1858 г. императором Александром II последовало высочайшее повеление о реконструкции корпуса наместничьих келий «во вкусе XVII века». В начале 1860 гг. по проекту архитектора Фёдора Фёдоровича Рихтера здание было перестроено и 30 сентября 1863 г. освящено епископом Платоном (Фивейским) в присутствии губернатора, высших чинов губернии и духовенства. В XIX – начале XX вв. корпус именовался Дворец царя Михаила Фёдоровича или Царские чертоги, в XX в. – Палаты бояр Романовых. В 1887 г. на содержание обители из казны выделялось 1308 руб. 39 коп. серебром. Эти средства распределялись по пяти статьям: наместнику с братией – 208 руб. 38 коп., «им же на стол» – 128 руб. 61 коп., на церковные нужды – 28 руб. 56 коп., на содержание ризницы – 85 руб. 71 коп., на прочие расходы – 857 руб. 13 коп. (Государственный архив Костромской области). Во второй половине XIX – начале XX вв. Ипатиевский монастырь обладал двумя мельницами на реках Чёрной и Андобе, несколькими рыбными ловлями на озёрах Святом и Великом и на речках Игуменке, Узоксе, Ворже и Везомше (Костромской уезд), четырьмя сенокосными пожнями, 19 десятинами пахотной земли. В 1862 г. Ипатиевскому монастырю принадлежало около 200 десятин земли, к 1917 г. – 304 десятины. Большая часть земли сдавалась в аренду. Так, в 1862 г. Ипатиевский монастырь получил 300 руб. годовых от московского купца первой гильдии Андрея Алексеевича Зотова за сдачу в аренду монастырской пожни Кобяково. В том же году Ипатиевский монастырь получил 182 руб. от крестьянина села Вёжи Шунгенской волости Клементьева за сдачу в аренду сенокосных пожень. Кроме того, в Костроме монастырю принадлежали каменный двухэтажный дом с флигелем и подворье. Нижний этаж снимал бывший преподаватель семинарии И. Алякритский за 70 руб. серебром в год. Во флигеле проживал наставник семинарии И.Ф. Островский, плативший 59 руб. В 1887 г. свечной завод перечислил монастырю субсидию в сумме 2284 руб. 68 коп., поступления от продажи свечей, кошельковый и кружечный сборы составили 866 руб. 17 коп. Также к «неокладной» части монастырских доходов относилось получение процентов от капитала на банковских счетах Государственного, Костромского общественного и Коммерческого банков (Государственный архив Костромской области). В 1861 г. был учреждён крестный ход из Костромы в Галич с Фёдоровской иконой Божьей Матери. Ежегодно после возвращения хода в Кострому чудотворный образ приносили в Ипатиевского монастыря, через три дня возвращали в кафедральный Успенский собор. В 1865 г. по инициативе Игнатия (Брянчанинова), проживавшего на покое в Бабаевском во имя Николая Чудотворца монастыре, установился обычай приносить из Бабаевской обители в Кострому во второе воскресенье Великого поста чудотворный образ святителя Николая. К началу XX в. Ипатиевский монастырь оставался одним из главных центров религиозной жизни Костромского края. На праздники (особенно на престольный – Троицу) в Ипатиевском монастыре собиралось много горожан и жителей окрестных селений. На рубеже XIX и XX вв. особым уважением пользовался проживавший в обители Кинешемский епископ Вениамин (Платонов), которого чтили как молитвенника и старца. Для встреч с архиереем, которого называли вторым Иоанном Кронштадтским, в Ипатиевский монастырь приходили тысячи паломников из Костромской и Ярославской губерний. Осенью 1917 г. в Кострому был эвакуирован Радочницкий женский монастырь Холмской епархии. Указом Синода от 10 ноября 1917 г. монахини размещались в Ипатиевском монастыре.