По инициативе Костромского епископа Сильвестра (Кулябки) с осени 1747 г. до лета 1750 г. в Ипатиевском монастыре располагалась духовная школа, смотрителем и учителем в которой был ипатиевский иеромонах Анастасий (Белопольский; ум. в 1760 г.); вскоре архиерейская школа была преобразована в семинарию. Уже в 1767 г. семинаристы приветствовали в архиерейских покоях Ипатиевского монастыря императрицу Екатерину II на греческом, латинском и еврейском языках. По инициативе Костромского епископа Владимира (Алядвина) в 1838 г. на территории Ипатиевского монастыря была открыта двухгодичная причётническая школа, её смотрителем назначен ипатиевский иеромонах Митрофан. Ученики школы изучали церковное пение по нотам и «наслышкою», русскую грамматику, церковный устав, арифметику, Священную историю, катехизис. Согласно ведомости за сентябрь-октябрь 1843 г., в первом классе обучалось 13 человек, из которых семь учеников содержались за счёт казны (т.е. получали пособие – 2 руб. в месяц), а шесть содержались «от себя» (т.е. вносили за каждый месяц по одному пуду ржаной муки и четверику картофеля). Но в 1845 г. из-за недостатка средств причётническая школа была закрыта. В ноябре 1845 г. в Палатах бояр Романовых состоялось торжественное открытие училища «для обучения детей штатнослужительских лиц мужеска пола». В училище принимали детей крестьян Андреевской и Богословской слобод, а также других селений, находившихся рядом с монастырём. Смотрителем был наместник архимандрит Платон, учителями работали казначей иеромонах Феодосий (Сигорский), а также послушники – окончившие «курс философских наук Иван Благовещенский» и «курс учения в уездном духовном училище Василий Голубков». В 1853 г. училище было закрыто из-за недостатка средств. В связи с 300-летием Дома Романовых 1 октября 1913 г., согласно определению Синода от 14 марта 1912 г., при Ипатиевском монастыре была открыта одноклассная церковноприходская школа, получившая наименование Романовская. Заведующим школой стал священник Михаил Звёздкин. Деревянное здание для неё (проект архитектора Николая Ивановича Горлицына) выстроили в Ипатьевской слободе у северной стены монастыря. Торжественное открытие школы состоялось 15 сентября 1912 г. При школе было устроено общежитие для 15 мальчиков (сирот из духовного звания) с бесплатным довольствием. Школа содержалась на пособия от Синода, от Костромского епархиального училищного совета, от частных лиц, но 1 сентября 1916 г. закрылась из-за отсутствия средств. В 1875 г. в здании консистории (в 1860 г. переведена в город) устроена богадельня (дом призрения) для престарелых священноцерковнослужителей на 12–15 человек. Средства на её создание (35 тыс. руб.) пожертвовал митрополит Киевский и Галицкий Арсений (Москвин), уроженец Костромского края; богадельня стала именоваться Арсеньевской. Вскоре после начала Первой мировой войны, 12 октября 1914 г., епархиальный съезд духовенства принял решение об учреждении лазарета в помещении Арсеньевской богадельни. На оборудование и содержание лазарета был установлен особый сбор: 75 коп. со священника каждой церкви, 50 коп. с диакона, 25 коп. с псаломщика и по 2% от церковных доходов. Для решения организационных вопросов был образован комитет, в состав которого вошли протоиерей В. Спасский, священники И. Орфанитский и М. Звёздкин, эконом архиерейского дома иеромонах Ипполит, столоначальник Костромской духовной консистории И. Нагорский. 13 ноября 1914 г. император Николай II присвоил лазарету наименование – Лазарет имени Его императорского Высочества Наследника Цесаревича и Великого Князя Алексея Николаевича. 21 ноября 1914 г. состоялось его торжественное открытие. 8 июля 1916 г. лазарет посетила великая княгиня Елизавета Фёдоровна, побеседовала с больными, раздала каждому по Евангелию и нательному крестику.