В 1925 г. в бывшей церкви во имя святых Хрисанфа и Дарии открылся клуб. В 1927 г. из Ипатиевского монастыря был изгнан последний насельник, хранитель церковно-исторического музея ризничий иеромонах Макарий. По соглашению с губернским музеем в 1920 гг. он проживал в монастыре и присматривал за соборами и палатами бояр Романовых. После того как активисты посёлка предписали Макарию остричь волосы и снять рясу, он покинул монастырь, не подчинившись предписанию. По постановлению президиума Ивановского облисполкома от 8 декабря 1930 г. Трудовая слобода с входившим в неё Ипатиевским монастырём была включена в состав города Костромы. В 1920–1930 гг. в ведении губернского, а после упразднения в 1929 г. Костромской губернского городского краеведческих музеев в Ипатиевском монастыре находились Троицкий и Богородице-Рождественский соборы, звонница, палаты бояр Романовых, стены и башни. В конце 1920 гг. музей сдал подвал Троицкого собора в аренду Центральному рабочему кооперативу, устроившему в нём овощехранилище. С 1920 и до конца 1950 гг. в тёплое время года местная молодёжь устраивала на паперти Троицкого собора танцы под гармонь. В 1930–1940 гг. усыпальница Годуновых под Троицким собором сдавалась музеем в аренду заводу имени Леонида Борисовича Красина под овощехранилище. В 1925 г. решением администрации губернского музея 12 из 16 колоколов со звонницы монастыря были сняты и проданы на металлолом. На звоннице осталось четыре самых древних колокола. 7 ноября 1927 г. к 10-летию революции в Богородице-Рождественском соборе был открыт антирелигиозный музей. Среди его экспонатов находился и список иконы Божьей Матери «Державная», привезённый в Кострому в 1918 г. Однако музей мало посещали, и в 1929 г. его перевели в город. В начале 1930 гг. Богородице-Рождественский собор был разрушен. По воспоминаниям старожилов, одновременно с разрушением храма началось и разграбление могил на кладбище, примыкавшем к соборам. В поисках наживы мародеры (в основном – жители посёлка) раскапывали относительно недавние захоронения. К 2011 г. в монастыре сохранилось несколько надгробных памятников XIX – начала XX вв. На рубеже 1920 и 1930 гг. со звонницы были сняты и сданы на металлолом последние четыре колокола: три (один был отлит в 1561 г. и два – в 1667 г.) – в 1929 г., 600-пудовый (1647 г.) – в 1931 г. Из всех колоколов монастыря уцелел лишь снятый в 1925 г. 68-пудовый (1088 кг) колокол, украшенный барельефами – «дача царя Бориса Годунова и конюшего Димитрия Ивановича Годунова». С 1949 г. колокол находится на колокольне кафедрального храма Иоанна Златоуста в Костроме. В 1918 и в начале 1930 гг. большая часть годуновских вкладов в храмы Ипатиевского монастыря, а также родовые усыпальницы Годуновых были вывезены в ГОХРАН и в московские музеи (Исторический музей, Третьяковскую галерею, музеи Московского Кремля).