Самое раннее упоминание усыпальниц бояр Годуновых на территории Ипатиевского монастыря есть в переписных книгах 1595 г. Две усыпальницы, находившиеся у алтаря Богородице-Рождественского храма, представляли собой отдельно стоящие каменные палаты с узкими окнами, заглублённые в землю и перекрытые сферическим сводом. В первой усыпальнице находилось 22 могилы, во второй – 16, в третьей – 17 могил. Считалось, что в первой усыпальнице были похоронены: Захария-Чет, его сын Александр, внук Дмитрий Зерно, правнуки (дети Дмитрия) – Иван Красный (ум. в 1408 г.), Константин Шея (ум. после 1408 г.) и Дмитрий, праправнуки (дети Ивана Дмитриевича Зерно) – Фёдор Иванович Сабур, Даниил Иванович Подольский и Иван Иванович Годун – родоначальник Годуновых. Здесь же находились могилы ближайших родственников Бориса Фёдоровича Годунова: прадеда Григория Ивановича (в иноках Герасим), деда Ивана Григорьевича, отца Федора Ивановича, матери Стефаниды Ивановны (Снандулии) и брата Василия Фёдоровича. Тут же находились могилы двух дядей царя Бориса – Дмитрия Ивановича (в иноках Дионисий) и Ивана Ивановича (в иноках Иона) Годуновых. Во второй усыпальнице были похоронены представители рода Стефана, Григория и Ивана Васильевичей Годуновых. В третьей усыпальнице, в подклете Троицкого собора (устроена, как полагают исследователи, вскоре после возведения первого каменного собора), находились могилы представителей рода Никиты и Петра Васильевичей Годуновых. Согласно документам XVI и XVII вв., во всех трёх усыпальницах на каменных надгробиях лежали дорогие бархатные покровы, шитые золотом и украшенные драгоценными камнями и жемчугом. В Лазаревской церкви, устроенной в подклете южной галереи Троицкого собора в середине XVII в., находилась архиерейская усыпальница. В XVIII–XIX вв. здесь были погребены епископ Дамаскин (Аскаронский; ум. в 1769 г.), епископ Виталий (Щепотов; ум. в 1846 г.) и епископ Александр (Кульчицкий; ум. в 1888 г.). Согласно завещанию, епископ Евгений (Романов; ум. в 1811 г.) был похоронен в церкви апостола Иоанна Богослова в Ипатиевской слободе. В 1905 г. на территории погоста Богословской церкви был похоронен и проживавший в Ипатиевском монастыре викарий Костромской епархии епископ Кинешемский Вениамин (Платонов). На монастырском кладбище у стен собора находились могилы представителей многих костромских дворянских родов: Васьковых, Карцевых, Колюпановых, Куломзиных, Мошковых, Пасынковых, Чагиных, Шишкиных, Щулепниковых, а также князей Вяземских, Куракиных, Мстиславских, Щербатовых-Оболенских, Лобановых-Ростовских. Здесь были погребены костромской губернатор генерал-лейтенант Николай Андреевич Лангель (1794–1853 гг.), начальник Костромского ополчения в Крымскую войну Фёдор Иванович Васьков (1790–1855 гг.), дядя Михаила Юрьевича Лермонтова генерал-майор Павел Иванович Петров (1790–1871 гг.), писатель и общественный деятель Нил Петрович Колюпанов (1827–1894 гг.).