В 1962–1970 гг. был отреставрирован архиерейский корпус. В 1960 гг. все здания обители были заняты музеем: в братском корпусе разместилась экспозиция истории края периода феодализма, в свечном – периода капитализма, в архиерейском – периода социализма, в бывшей богадельне – экспозиция отдела природы. Большая личная роль в деле восстановления памятников Ипатиевского монастыря принадлежит первому директору музея-заповедника Марии Михайловне Ореховой. В конце 1960 гг. было разрушено находившееся близ Ипатиевского монастыря здание бывшей монастырской церковноприходской Романовской школы. Возрождение монастыря началось 23 ноября 1989 г., когда в Троицком соборе епископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв) совершил богослужение, 8 января 1991 г. – первую Божественную литургию. Решением Синода от 18 февраля 1992 г. Ипатиевский монастырь был возрождён, 16 марта 1992 г. состоялась официальная регистрация монашеской общины. По постановлению главы администрации Костромы (17 апреля 1992 г.) району, примыкающему к стенам обители, в 1918 г. переименованному в Трудовую слободу, было возвращено историческое название – Ипатиевская слобода. В мае 1993 г. монастырь стал одним из мест проведения фестиваля «Вехи», посвящённого 380-летию Дома Романовых. 17 июля 1991 г., в день очередной годовщины убийства императора Николая II и его семьи, в Троицком соборе Ипатиевского монастыря епископ Александр (Могилёв) совершил Божественную литургию и заупокойную литию в память о погибших. С 2000 г. в ночь с 16 на 17 июля в Ипатиевском монастыре регулярно совершается ночная Божественная литургия. С 1999 г. существует традиция покаянного крестного хода из монастыря Тихона Лухского в Ипатиевский монастырь, который начинается 12 июля и прибывает в Кострому 16 июля для участия в поминальном богослужении в обители в ночь с 16 на 17 июля. В мае 1993 г. между администрацией Костромской областью и Костромской епархией было подписано утверждённое Патриархом Московским и всея Руси Алексием II (Ридигером) и министром культуры РФ соглашение о совместном использовании комплекса зданий Ипатиевского монастыря монашеской общиной и музеем-заповедником. 14 февраля 1994 г. Председатель Правительства РФ подписал распоряжение о передаче Костромской епархии Лазаревской церкви, звонницы и свечного корпуса, входящих в комплекс Ипатиевского монастыря. В 1994 г. по согласованию администрации Костромской области и Костромской епархии вместо свечного корпуса епархии были переданы корпус над погребами и несколько помещений на первом этаже здания богадельни. 4 ноября того же года, в день Казанской иконы Божьей Матери, в Лазаревской церкви состоялось первое за много лет богослужение. 12 апреля 1996 г., в канун Пасхи, на звонницу было водружено шесть новых колоколов, самый большой из которых «Свет» весит 65 пудов (910 кг).