В 1589 г. Московские митрополиты получили титул патриарха, но чин интронизации остался тем же, что и при поставлении митрополитов. От поставления епископов поставление автокефальных Московских митрополитов и затем патриархов до Никона включительно отличалось весьма существенным обстоятельством: по не до конца ясным исследователям причинам (о которых, впрочем, исследователи делают определённые предположения) предстоятели Русской церкви поставлялись не только через чин интронизации, но и через совершение над ними полного последования архиерейского рукоположения (даже если до избрания на Московскую кафедру они уже были епископами). Этот обычай противоречил канонам и церковному учению о таинствах и был со временем упразднён (последним патриархом, получившим при своём поставлении повторную архиерейскую хиротонию, был Никон). Исследователи полагают, что с той же идеей сакрализации фигуры предстоятеля была связана и традиция облачения патриарха не в одну, а в две епитрахили – одна надевалась как обычно, а вторая была нашита на патриарший саккос (эта традиция была также оставлена при Никоне). Собственно чин интронизации Московских патриархов в эпоху до Никона включительно имел тот же порядок, что и при поставлении Московских митрополитов: после литургии патриарха возводили на архиерейский амвон два митрополита (вместо архиепископа и епископа) и трижды усаживали на поставленный там трон с пением «Ис полла эти, деспота». Следовали переоблачение патриарха во внебогослужебные одежды, вручение жезла царём (при поставлении патриарха Филарета жезл вручал ему не царь, приходившийся Филарету сыном, а Иерусалимский патриарх, находившийся в тот момент в Москве), пение многолетий, посещение царя в его палатах, шествие на осляти по Москве. С упразднением неканонического обычая повторного рукоположения патриарха при его поставлении больше не совершался обряд настолования (усаживание патриарха на трон («престол»)) после окончания Божественной литургии. Исследователи предполагают, что в процессе приведения русской практики того времени в соответствие с греческой была пересмотрена и церемония патриаршей интронизации, которая начала совершаться, как и у греков, после литургийного Трисвятого и стала представлять собой трёхкратное (вместо обычного однократного) восседание на горнем месте. Впрочем, в описаниях поставлений последних Московских патриархов XVII в. этот момент литургии обойдён молчанием; исследователи полагают, что обряд настолования был отменён. От старой традиции остались лишь обряды переоблачения патриарха из архиерейских одежд в патриаршие и вручения патриарху царём первосвятительского жезла, но эти обряды стали совершаться не после литургии, а до неё, так что патриаршие мантию, клобук и панагию заменили литургийные одежды – саккос и проч. Вслед за переоблачением пелись многолетия, и совершалась литургия. После литургии патриарх навещал царя, а затем объезжал город, но не на осляти, как раньше, а на санях или в карете. С упразднением патриаршества совершение чина интронизации предстоятеля Русской церкви прекратилось.