В учении Исидора Севильского о церковных таинствах, которое в целом вполне традиционно, внимание исследователей привлекали два вопроса: различал ли Исидор Севильский таинства крещения и миропомазания и признавал ли учение о пресуществлении Святых Даров в таинстве евхаристии. В «Сентенциях» упоминается лишь два церковных таинства: крещение и евхаристия. Однако в других сочинениях Исидор Севильский писал о миропомазании (chrisma, unctio), называя его таинством наряду с крещением и евхаристией и говоря об отличии его действия от действия крещения: «Как в Крещении подаётся отпущение грехов, так и посредством помазания совершается освящение Духа… Хотя помазание совершается материально, оно приносит духовную пользу, так же как и в благодати Крещения происходит видимое действие, когда мы погружаемся в воду, но достигается духовный результат, когда мы очищаемся от грехов». От миропомазания Исидор Севильский отличал рукоположение, которое подобает совершать лишь епископам и посредством которого передаётся Святой Дух. Хотя Исидор Севильский и не использовал в учении о евхаристии термин «пресуществление», он пытался с помощью других слов выразить учение об истинном преложении хлеба и вина в Тело и Кровь Христа освящающим действием Святого Духа: «Мы называем (хлеб и вино) Телом и Кровью, поскольку то, что было взято от плодов земли, освящается (sanctificatur) и становится таинством (sacramentum) невидимым действием Духа Божия». Исидор Севильский говорил о естественной «пищевой» связи хлеба и вина с телом и кровью человека, отмечая вместе с тем, что в таинстве евхаристии, при сохранении их вида, происходит их мгновенный таинственный переход в Тело Христово: «Поскольку хлеб укрепляет тело, он называется Телом Христовым; и поскольку вино производит в плоти кровь, потому оно указывает на Кровь Христову. И хотя они суть видимые (вещи), но, освящённые Святым Духом, переходят в таинство Божественного Тела». Само понимание Исидором Севильским «таинства» предполагает, что в нём под покровом видимых телесных вещей невидимо присутствует Божественная сила, таинственно совершающая спасение человека. В эсхатологическом учении Исидора Севильского исследователи находят примечательным отсутствие разработанного представления о чистилище, которое он мог бы заимствовать у Августина Блаженного. Вместе с тем Исидор Севильский утверждал, что некоторые «избранные», т.е. верующие христиане, в конце своей земной жизни будут очищены от лёгких прегрешений посредством страха из-за своей будущей участи: получат ли они после смерти награду или будут подвергнуты наказанию. Вслед за Августином Блаженным Исидор Севильский указывал на издавна установленную в церкви практику молитвы за усопших, которая не сохранилась бы, если бы церковь не верила в отпущение их грехов; значит, «в будущей жизни некоторым (людям) грехи будут отпущены и очищены неким очистительным огнём».