Святой Дух также есть Бог, поскольку Он исходит от Отца и Сына и имеет общую с Ними сущность (ex Patre Filioque procedit et substantiam eorum habet), будучи Духом Их обоих и делая Их едиными по сущности. Согласно Исидору Севильскому, разница между рождением Сына и исхождением Святого Духа заключается именно в том, что Сын рождается от одного Отца, а Святой Дух исходит от двух Лиц (ex utroque procedit). Исследователи полагают, что по настоянию Исидора Севильского это учение о двойном исхождении Святого Духа вошло в каноны Толедских соборов, проходивших с его участием. Бог есть Троица как «нечто единое из трёх», т.е. «Триединство» («Triunitas»), подобно триединству в человеке памяти, мышления и воли, которые, хотя и три вещи, но суть нечто одно. Так и в Боге при единстве сущности Отец, Сын и Святой Дух связаны между собой взаимными отношениями. Особенностью тринитарного учения Исидора Севильского исследователи считают его представление о Сыне, воспринявшем человеческую природу в единство с Собой, как о третьем Лице Святой Троицы. Так, у Исидора Севильского встречается упоминание о человечестве, воспринятом Христом, «Который есть третье Лицо в Троице» («tertia in Trinitate persona»). Это представление, нарушающее традиционное для христианского богословия порядок Лиц в Святой Троице, по мнению исследователей, появилось у Исидора Севильского под влиянием слов пророка Аггея и пророка Исаии, которым он даёт тринитарное толкование: «Таинство этой Троицы приоткрыл и пророк Аггей, говоря от лица Бога: “Дух Мой пребывает среди вас”. Вот Бог, Который говорит, и вот Дух Его; после Них он добавил и о третьем Лице (de tertia persona), т.е. о Сыне: “Я потрясу небо и землю…, и придёт Желаемый всеми народами”. И у Исаии показывается различие Троицы по каждому Лицу, когда Тот же Сын говорит: “Я первый и Я последний. Моя рука основала землю, и Моя десница распростерла небеса… Я и сначала говорил не тайно; с того времени, как это происходит, Я был там”. И добавляет: “И ныне послал Меня Господь Бог и Дух Его”. Вот, два Лица: Господь и Дух Его, Которые посылают, и третье Лицо (tertia persona) Того же Господа, Которое посылается». По мнению исследователей, христологическое учение Исидора Севильского вполне традиционно и ничем не отличается от учения четвёртого Вселенского (Халкидонского) собора об одном Лице и двух истинных и совершенных природах Христа, соединившихся неслитно и нераздельно; по утверждению Исидора Севильского, «одно Лицо Христа имело две совершенные сущности: божественную и человеческую, ведь полнота двух сущностей не привела к удвоению лиц, и единство Лица не привело к слиянию двух сущностей». Взгляды Исидора Севильского на происхождение мира и его устройство также в значительной мере зависят от концепций, развивавшихся Августином Блаженным. В сочинениях Исидор Севильский излагал августиновское учение о вечном идеальном бытии мира в Божественном замысле (in aeterna ratione et consilio), о мгновенном творении из ничего ангелов и бесформенной мировой материи, которая потенциально содержала в себе все вещи в совокупности и из которой в течение шести дней творения постепенно появились все отдельные вещи в соответствии с их видами; он принимал иерархию творения, состоящую из пяти уровней: неживые вещи, растения, животные, люди, ангелы.