В учении о человеке Исидор Севильский, с одной стороны, воспроизводил августиновское представление о том, что человек занимает низшее положение по сравнению с ангелами, не только потому, что имеет материальное тело, но и потому, что сотворён для восполнения числа ангелов, умалившегося в результате их падения. С другой стороны, он соединял с этим библейское представление о богообразности человека и философское учение о человеке как «микрокосме»: «Человек есть неким образом другой, меньший мир» («alter in brevi quodam modo est mundus»). Согласно Исидору Севильскому, в человеке содержатся все уровни иерархии сущего, и пребывает природа всех вещей; так что человек – это «великая часть тварной вселенной» («universitatis creaturae magna quaedam portio»); при этом он настолько превосходнее всего остального по своему положению, насколько близок к божественному образу; все вещи были созданы ради человека, и только человек – «ради самого себя (propter se ipsum)». Особое внимание Исидор Севильский уделял традиционным для западных богословов вопросам о происхождении зла, о первородном грехе и о способе его наследования, а также о неспособности человека своими силами избирать и творить добро и о необходимости для этого помощи со стороны божественной благодати. Его решение этих вопросов не содержит ничего существенно нового по сравнению со взглядами Августина Блаженного, Фульгенция и Григория Великого. Некоторые недоумения у последующих теологов вызывало лишь учение Исидора Севильского о так называемом двойном предопределении. Согласно Исидору Севильскому, «существует двойное предопределение (gemina praedestinatio): как избранных к покою, так и отверженных к смерти. И то и другое совершается Божественным решением (divino judicio), которое делает так, чтобы избранные вечно следовали высшим и внутренним (благам), и позволяет (permittat), чтобы отверженные, оставив (эти блага), вечно услаждались низшими и внешними (благами)». В IX в. в ходе споров о предопределении на основании этих слов Реймсский архиепископ Гинкмар сблизил позицию Исидора Севильского с позицией Готшалька и галльских богословов V в., с которыми спорили Августин Блаженный и Проспер Аквитанский. Однако в отличие от Готшалька Исидор Севильский не утверждал, что отверженные предопределены Богом ко греху; он говорил лишь о том, что они предопределены к вечному наказанию за свои собственные грехи, которые они совершили по своей воле; в этом Исидор Севильский полностью согласен с Фульгенцием Руспийским и Григорием Великим, на взгляды которых он опирался при изложении этого учения. В спорном вопросе о происхождении человеческой души Исидор Севильский, соглашаясь с Августином Блаженным и Григорием Великим в том, что этот вопрос остаётся до конца неразрешимым, склонялся к теории креационизма, согласно которой «душа творится тогда, когда творится и тело, с которым она соединяется». В учении о церкви Исидор Севильский подчёркивал, что главная роль церкви заключается в сохранении чистоты веры и соблюдении добрых нравов; это два необходимых условия, при соблюдении которых человек является членом истинной христианской церкви, распространённой по всему миру. В связи с этим Исидор Севильский считал, что добродетельные поступки в современной ему церкви заняли место чудес, являвшихся характерной особенностью церкви времён апостолов.