В них рассказывается о том, что однажды к игумену пришли больничные старцы и просили вернуть в монастырь больничного келаря Кирика, который ушёл в «пустыню» вместе с отшельником Дамианом. Монахи обвиняли пустынников в том, что те «в праздности пребывают, а не в монастыре трудятся». Иринарх повелел вернуть Кирика. На поиски были посланы вместе с иноками трудники и стрельцы, которые возвратили в монастырь преподобных Кирика и Дамиана и многих других пустынножителей, а кельи их разорили (эти события произошли, как полагают исследователи, около 1618 г.). В качестве игумена Соловецкого монастыря Иринарх был полномочным представителем царской власти в Поморье и начальником двух военных крепостей: каменной на Большом Соловецком острове и деревянного острога в Сумской волости. При игумене находился осадный воевода (из соловецких старцев), в Сумском остроге – царский воевода (Михаил Иванович Спешнев). В 1621 г. военный гарнизон, занимавший обе крепости, состоял из 1040 человек (Российская национальная библиотека). Весной 1619 г. Иринарх получил повеление от царя принять меры предосторожности против нападения датчан (датский король Кристиан IV заявил о своих притязаниях на «Лопскую землю», включая русские погосты). Царь повелел игумену, чтобы ратные люди «жили с великим береженьем, и наряд по городу и острогу устроили, и караулы и осадных людей росписали» (Акты археологической экспедиции, том 3). 5 августа 1621 г. Иринарху была послана царская грамота, извещавшая о появлении близ Кольского острога датских кораблей. Ему было приказано построить на случай осады каменные кельи для служилых и мирских людей и закончить строительство оборонительного рва (Акты археологической экспедиции, том 3). В начале 1620 гг. по распоряжению игумена были проведены работы по укреплению Соловецкой крепости. У зданий поварни и квасоварни, включённых в оборонительную систему, был построен дополнительный участок крепостной стены – так называемый пристенок с двумя башнями. Было укреплено здание сушила: его облицевали камнем и снабдили навесными бойницами. С северной и южной сторон крепости был вырыт ров, обложенный валунами и обнесённый частоколом. Многолетнее присутствие на Соловецких островах мирян расшатывало монашескую дисциплину. Михаил Фёдорович потребовал от Иринарха в грамоте от 9 февраля 1621 г. воздействовать на тех иноков, которые желают «житие имети ослабно и мирским делом уклонятися или учнут питье держати, и вне монастыря исходити, и молвы творити»; новоначальные иноки должны жить в послушании у игумена и у известных доброй жизнью старцев (Акты археологической экспедиции, том 3). Грамоты аналогичного содержания прислали Иринарху патриарх Филарет и царица-инокиня Марфа (Российская национальная библиотека). Восстанавливая в обители уставные нормы, Иринарх написал для братии последование келейного правила, к которому присоединил несколько статей о поведении монахов («Како подобаеть приити брату ко иному брату в келию»; «Сретающе же ся, брат з братом да глаголет», «А как з братиею потружаешися на какове-любо деле, пришед в келию, глаголи»). Один из списков келейного правила Иринарха сохранился в Каноннике Троице-Сергиева монастыря (Российская государственная библиотека; текст отредактирован применительно к условиям Троице-Сергиева монастыря); в книге есть запись ученика Иринарха соловецкого старца Иоасафа Сороцкого, который в 1630–1634 гг. был казначеем Троице-Сергиевой обители.