Из рассказа Вениамина, ученика святого, в «Сказании о чудесах игумена Иринарха» известно, что настоятельство Иринарха было не безмятежным, святому пришлось много пострадать «от восстающих на него», но он умел прекращать возмущения кротостью. Иринарх приложил много усилий к упрочению хозяйства Соловецкого монастыря, разорённого в Смутное время. Рассмотрев челобитную Иринарха, царь в сентябре 1613 г. пожаловал Соловецкому монастырю «волостку Шую Корельскую со крестьяны, и с дворы, и с дворовыми месты, и луки, и с мельницею, и с соляными варницами, и с рыбными и звериными и со птичьими ловлями». Отвечая на царскую милость, Иринарх по совету с братией послал в Москву 1 тыс. руб. серебром «на жалованье ратным людем». Летом 1614 г. Иринарх вступил в переговоры со шведами Христофором и Эриком Гаре, правителями финских городов Улеаборг и Каяани. Соловецкий игумен писал им о нежелании монастыря «чинить войны и никаких задоров» и о стремлении жить с соседями «в любви и в соединении» (Акты археологической экспедиции, том 3). В результате переговоров в сентябре 1614 г. в Поморье было заключено перемирие. Летом 1616 г. Иринарх ездил бить челом царю об отмене пятинного сбора (чрезвычайного государственного налога размером в пятую часть всех доходов) с Соловецкого монастыря и об «обелении» (освобождении от налогов) купленных обителью деревень на Онежском берегу Белого моря в Пурнеме и Лямце, где монастырь собирался развивать соляные промыслы. Решение обоих вопросов было важным для экономического благополучия обители, поскольку его вотчины были разорены, а промыслы запустели. В Москву Иринарх привез 1 тыс. руб. оброка с соловецких вотчин и столько же пятинных денег (Российский государственный архив древних актов). 8 сентября 1616 г. Иринарх ил челом государю о «монастырской хлебной скудости» и поднёс ему в дар «кубок серебрян, золочён, на высоком стоянце, алтабас золотной и сорок соболей». Михаил Фёдорович повелел оставить пятинные деньги за Соловецким монастырём «для монастырьские хлебные скудости». Часть сэкономленных средств игумен передал в Вологде строителю соловецкого подворья старцу Иоасафу (впоследствии патриарх Иоасаф I) для «хлебныя покупки» на монастырь (Российский государственный архив древних актов). Соловецкий монастырь вернул в казну несколько принадлежавших ему «белых» деревень в Турчасовском стане, а взамен этого были «обелены» приобретённые обителью деревни в Пурнеме, Нижмозере и Лямце (Российский государственный архив древних актов). В последующие годы Иринарх много внимания уделял расширению монастырских усолий (в Шуерецкой волости, в Польском усолье) и заведению новых (в 1617 г. – в Гридиной губе, в 1621 г. – в Поньгоме; Российский государственный архив древних актов). Во время настоятельства Иринарха в Соловецком монастыре было построено несколько каменных келейных корпусов, в 1615 г. сооружена двухэтажная иконописная палата, рядом в 1619 г. поставили кожевенный склад, в том же году, согласно «Соловецкому летописцу», была построена «казначейская палата о трёх ярусах со сводами», по мнению А.К. Мельника и других исследователей, палата была поставлена в середине 1570 гг.