У Исидора Севильского это разделение указывает на существующие различия между принявшими крещение христианами, одни из которых вкушают сладость благодати, другие же вновь приобщаются к горечи греха. Автор приписываемого Иоанну Златоусту сочинение «О реке Иордане» («In Jordanem Fluvium») подчёркивал, что, поскольку Иордан течёт не в живое, а в Мёртвое море, он является образом преходящей жизни. Число камней, взятых из Иордана (12), истолковывается как указание на число апостолов. Эти камни – вечные памятники (memoriale usque in aeternum) не потому, что они не исчезнут, если даже прейдут небо и земля, но потому, что они суть указание на вечность (aeternum aliquid significant). Согласно Иларию Пиктавийскому, 12 камней означают учение апостолов, сохранённое из закона (apostolica doctrina prolata ex lege). Они – фундамент апостолов. Тема христианского крещения присутствует и в толковании рассказа об омовении Неемана (4 Цар. 5:1–14), которое само понимается толкователями как «великая тайна крещения»; как «великая тайна Иордана». Описание мифологического чудовища в Иов. 40:23 («Сделает ли он договор с тобою, и возьмёшь ли его навсегда себе в рабы?») толкователи также связывали с крещением. Согласно Кириллу Иерусалимскому, Иисус побеждает Своим крещением дьявольского дракона. Иулиан Арианин, напротив, считает, что потоки воды Иордана не могли повредить бегемоту (дьяволу), ибо телесное не может повредить бестелесному. Слова пророка Захарии об уничтожении «надменности Иордана» (Зах. 11:3; LXX; Vulgata: superbia; в славянском переводе – «шатание») указывают, согласно Дидиму Слепцу, на уничтожение еретиков; Иероним Стридонский видел в них указание на разрушение Иерусалимского храма. В апокрифическом Житии Адама и Евы сообщается, что, когда раскаявшийся Адам вступил в воды Иордана, они остановились и оставались без движения сорок дней. В «Евангелии Филиппа» говорится, что Иисус явил в Иордане начало Царства Небесного. Согласно одному из так называемых неизвестных Евангелий, Иисус совершил на Иордане чудо, повелев произойти непосредственно друг за другом посеву и поспеванию плодов, как свидетельство всесилия Божия, создающего жизнь из смерти. В апокрифическом «Евангелии Псевдо-Матфея» отражена легенда, согласно которой в гроте недалеко от брода через Иордан, к которому ведёт дорога из Иерихона, жила львица со львятами. Из страха перед ней никто не мог пройти по этой дороге. Когда Христос пришёл к Иордану, львы поклонились Ему, и Он вместе с ними перешёл через Иордан, воды которого расступились. Иоанн Мосх рассказывал, что в одном из монастырей недалеко от Иордана, по преданию, жил монах Герасим, у которого был верный ему лев по имени Иордан. Он не смог пережить смерть Герасима и умер на могиле монаха.