Главные истоки, реки Эль-Хасбани (Снир), Дан и Банияс, берут начало у подножия горы Хермон на высоте около 520 м над уровнем моря. На высоте около 80 м над уровнем моря реки, слившись, образуют единое течение Иордана. На расстоянии 14 км к югу, на высоте около 78 м над уровнем моря, Иордан впадает в болотистое озеро Хула. На 25 км южнее, на высоте около 200 м ниже уровня моря, Иордан впадает в Тивериадское озеро. На этом участке уклон реки составляет 17,6 м/км. Иордан вытекает из Тивериадского озера с южной стороны и течёт на юг к Мёртвому морю (около 410 м ниже уровня моря). На последнем, нижнем отрезке увеличивается меандрирование реки. В нижнем течении Иордан подпитывается ещё несколькими притоками: с востока – реками Ярмук и Эз-Зарка (Иавок), стекающими с горы Галаад, с запада – реками Харод и Тавор, спускающимися с горы Гилбоа (Гелвуй). Годовой сток реки, первоначально составлявший около 1,2 млн. куб. м, на рубеже XX и XXI вв. равен около 850 млн. куб. м. Стремительное течение и резкое падение на верхнем отрезке, извилистость и незначительная глубина на нижнем делают реку несудоходной. Прибрежная полоса Иордана покрыта обильной растительностью, контрастирующей с пустынными окрестностями. Берега реки заросли иорданским тамариском, ивами, акацией, олеандром и содомскими яблонями. В древности в полосе растительности, тянущейся вдоль реки («краса Иордана»; Зах. 11:3), водилось много диких зверей: львов (Иер. 49:19; 50:44; Зах. 11:3; изображены на карте Мадабы), леопардов, диких кабанов. До сих пор встречаются газели, лисы, шакалы и гиены. Берега Иордана также служат местом стоянок для перелетных птиц. Река богата рыбой. Верхнее течение реки представляет собой плодородную возделываемую долину. Земли вдоль нижнего Иордана заселены крайне неравномерно: восточный берег, область древней Переи, интенсивно осваивается, здесь расположены десятки деревень и небольшой город Эль-Карама; на западном берегу насчитывается несколько осёдлых бедуинских и израильских сельских поселений, а также город Бейт-Шеан на месте древнего Беф-Сана. В Новое время по Иордану прошла граница между государствами. После создания эмирата Трансиордания в 1921 г. (с 1946 г. – королевство) и вплоть до 1948 г. Иордан служил его границей с британской подмандатной территорией Палестины. После создания государства Израиль в 1948 г. верхний Иордан стал его восточной границей с Сирией. Нижний Иордан и прилегающие к нему земли, на которых по плану ООН должно было быть создано арабское палестинское государство, перешли под иорданский контроль и оставались под ним, пока не были захвачены Израилем в ходе шестидневной войны 1967 г. После окончания войны по Иордану от Ярмука до Мёртвого моря прошла линия прекращения огня между Израилем и Иорданией, а после подписания мирного договора между странами в 1994 г. – государственная граница. Верхнее течение Иордана и его истоки были захвачены Израилем в ходе шестидневной войны. Территориальные претензии на истоки Иордана неоднократно служили поводом для локальных конфликтов между Израилем, Сирией и Иорданией.