Появляются сельскохозяйственные орудия труда. Впервые строятся дома из сырцового кирпича, поначалу круглой и овальной формы, затем прямоугольные. Полы в домах земляные, стены обмазаны известью и зачастую раскрашены. Наиболее полно основные характеристики эпохи представлены в поселениях, обнаруженных в Иерихоне и Мунхате, находящейся южнее Тивериадского озера. В дополнение к жилым постройкам были и общественные здания, свидетельствующие о высоком уровне организации поселений. Так, в Мунхате было обнаружено крупное, по мнению исследователей, общественное, здание, круглое в плане, с мощёным круглым двором. В Иерихоне сохранились следы ирригационной системы и мощная башня, вероятно, имеющая культовое назначение. В Иерихоне и Байсамуне (долина Хула) под полами жилых построек были найдены обмазанные глиной и украшенные ракушками человеческие черепа. Памятники эпохи керамического неолита (6000–4500 гг. до н.э.), обнаруженные в Иерихоне и Мунхате, богаты лепной обожжённой керамикой с характерным шевронным орнаментом. Многолетние исследования в Шаар-ха-Голане, в восточной части долины Иордана, на берегу реки Ярмук, позволили исследователям выделить «ярмукскую культуру» с особой техникой изготовления каменных орудий. Кремниевые ассамбляжи свидетельствуют об аграрном поселении, жители которого занимались и охотой. Среди находок – множество культовых предметов: глиняные статуэтки и гладкая галька с процарапанными схематическими изображениями, свидетельствующие о культе плодородия. Период халколита (4500–3500 гг. до н.э.) характеризуется волной миграций в Ханаан нового населения со сложившейся системой религиозных верований, с высокоразвитой материальной культурой и технологическими достижениями, в том числе в металлургии и гончарном деле. В долине Иордана было обнаружено около 70 халколитических памятников, важнейшим из которых исследователи считают Тулайлат-эль-Гасуль (Гхассул) неподалёку от Мёртвого моря, напротив Иерихона. Подобно прочим халколитическим поселениям, Тулайлат-эль-Гасуль представляет собой неукреплённый крупный посёлок. Дома стояли тесно, свободное пространство между постройками было замощено камнем. Комплексы зданий состояли из длинных прямоугольных помещений с небольшими пристройками и круглыми ямами, вероятно, зернохранилищами. Постройки из сырца на каменном фундаменте, стены оштукатурены. Простейшая обстановка, сложенные из сырца печи и скамьи. В одном из помещений сохранились уникальные образцы фресок, судя по всему имеющих культовое значение: процессии людей в масках, птицы, звери, восьмиконечные звёзды. Тулайлат-эль-Гасуль был первым обнаруженным в Палестине памятником эпохи халколита, получившим название «гхассульская культура», впоследствии открытая во множестве других мест, от Негева на юге до Голанских высот на севере с местными особенностями. В эпоху ранней бронзы благодаря выгодному географическому положению стратегическое значение долины Иордана возрастает. В дальнейшие периоды истории Святой земли на берегах Иордана возникали крупные административные центры.