Когда авва Агиодул размышлял на берегу Иордана, что стало с 12 камнями, положенными Иисусом Навином на дне Иордана, воды реки расступились, и он увидел эти камни. «Повергшись на землю, он воздал хвалу Богу и удалился». Паломничество в долину Иордана и к упомянутым в Священном Писании местам этого региона существовало на протяжении многих веков (исследователи готовы допустить, что уже священномученик Пионий (вторая половина III в.; память 11 марта; в Западной церкви 1 февраля) говорит об этом в защитительной речи). Паломники из Александрии брали с собой воду Иордана, чтобы благословлять ею отплывающие корабли; в реку окунали льняное полотно и одежду и сохраняли их до времени собственного погребения. Упоминается инкубационный исцеляющий сон в «термах Илии» возле Иордана. В Галгале показывали 12 камней из Иордана. Паломники приходили из самых дальних мест, чтобы принять крещение в Иордане и праздновать здесь Богоявление. Свидетельства паломников о месте крещения, указывающие не на русло реки, но на один из её берегов (уже в Бурдигальском итинерарии сообщается об отдалении этого места от Мёртвого моря на пять миль), вызвали споры исследователей о месте расположения здесь первых христианских церквей и монастырей. Возведённую уже при императоре Анастасии I (491–518 гг.) церкви Иоанна Предтечи одни исследователи локализовали на восточном берегу Иордана, в долине Харрар, другие – на западном берегу. Во время раскопок, начатых в 1996 г. на восточном берегу Иордана, была обнаружена церковь, отождествляемая археологами с постройкой императора Анастасия. Сохранились фундаменты стен и арок, мраморные плиты и напольные мозаики. Монастырь Иоанна Предтечи на Иордане первоначально возник на восточном берегу реки, впоследствии неоднократно разрушался и восстанавливался на новом месте; существующее в настоящее время здание расположено в 10 км от Иерихона, на западном берегу, в 600 м от реки (см. также статьи Герасима Иорданского монастырь, Каламон). На карте из Мадабы Вифавара (место крещения, согласно Ин. 1:28, вариант ранних рукописей) изображена на западном берегу Иордана (изначально это место относили к восточному берегу) с подписью: «Вифавара св. Иоанна Предтечи». На восточном берегу изображён «Айнон, где сейчас Сапсафас», что напоминает сообщение Иоанна Мосха, хорошо знакомого с топографией местности, о том, что один монах при иерусалимском патриархе Илии I (II) (494–516 гг.) основал на восточном берегу Иордана, в миле от места крещения, лавру Сапсас.