После хасмонейских завоеваний долина Иордана полностью перешла под иудейский контроль. На возвышенностях вдоль реки были построены хасмонейские крепости, а затем дворцы царя Ирода Великого и его преемников: Кипрос, Архелаида, Александрион, Фасаэль. В верховьях Иордана возник город со святилищем Пана – Панеада (Кесария Филиппова, ныне Банияс). Обширный комплекс зимних дворцов возведён в Иерихоне. Благодаря доходному промыслу опобальзама долина Иордана превращается в один из самых процветающих районов Иудеи. В римский период, особенно при императорах Адриане и Септимии Севере, развитие получают города Десятиградия. Крупный римский курорт был обнаружен в Хаммат-Гадере, между Ярмуком и Иорданом. Римляне построили первые мосты через Иордан, которые затем восстанавливали крестоносцы. Остатки величественного римского моста обнаружены в месте слияния Иордана и Ярмука. После разрушения Иерусалима в 70 г. н.э. римлянами в Пелле и других городах Десятиградия возникли христианские общины. В византийский период в Скифополе, Гадаре, Пелле, Иерихоне разворачивалось широкомасштабное храмовое строительство. В пустынных местах возле Иордана селились отшельники, и со временем основывались монастыри. Археологические раскопки выявили древние монашеские центры в Иерихоне и его окрестностях, в Архелаиде, в Дейр-Хаджале. Особенно известны монастырь Иоанна Предтечи на Иордане и Каламон. На карте Мадабы (около 565 г.) обозначено множество крупных и мелких населённых пунктов вдоль реки. В римский и византийский периоды в регионе существовали еврейские общины. В Хамате, Рехове, Иерихоне, Нааране и Скифополе исследователи обнаружили синагоги с декоративными мозаичными полами и посвятительными надписями на арамейском языке. После арабского завоевания 638 г. Иордан по-прежнему оставался границей провинций: земли к западу от реки относились к провинции Фаластин, к востоку – к провинции Эль-Урдун. В Иерихоне был возведён зимний дворец омейядского халифа эль-Валида (Хирбат-эль-Мафджар, так называемый дворец Хишама). Землетрясение 747 г. разрушило и дворец, и большую часть городов Десятиградия, после этого вплоть до Нового времени крупные населённые пункты в долине Иордана не возникали. Крестоносцы выстроили на возвышенностях вдоль реки несколько небольших цитаделей и замок Бельвуар (Кохав-ха-Ярден). В правление прокуратора Иудеи Куспия Фада (44 – около 46 г. н.э.) некто Февда, выдававший себя за пророка, вывел на Иордан много народа, чтобы перейти реку, разделив её воды своим словом. Однако посланные прокуратором солдаты схватили и обезглавили его (Деян. 5:36). Многие толкователи упоминают эпизод с семикратным омовением Неемана, который хотел исцелиться. Число 7 является не только символическим, обозначающим полноту чего-либо, но и часто (например, у вавилонян) доминирует в ритуале очищения грехов. В Ветхом Завете и раннем иудаизме вода Иордана не рассматривается как имеющая особые свойства, т.к. она, как «смешанная», непригодна для ритуала очищения грехов, для омовения исцелённого от проказы и нечистого; но в ней можно плавать и, судя по всему, проводить омовения прозелитов.