Беф-Сан упомянут в Ветхом Завете как город, который не смогли покорить сыны Израилевы – он остался филистимским (Нав. 17:11–13; Суд. 1:27). На стенах города были выставлены на всеобщее обозрение тела Саула и его сыновей (1 Цар. 31:10). В правление Соломона здесь находился крупный административный центр израильской монархии (3 Цар. 4:12). Археологические находки эпохи раннего железного века свидетельствуют о продолжении египетского влияния. По мнению исследователей, город был захвачен филистимлянами: раскопки выявили слой пожара и разрушения с характерной для филистимской культуры расписной керамикой. На местном кладбище обнаружено несколько десятков антропоморфных саркофагов. На некоторых гробах, выполненных в так называемом гротескном стиле, изображены шлемы, украшенные перьями, напоминающие шлемы воинов «народов моря», известных по рельефам из Мединет-Абу в Египте. Филистимляне, по-видимому, отстраивали разрушенный город. В X–VIII вв. до н.э. город снова перестроили. К этому периоду железного века относятся складские помещения и административные здания. В Дане в эпоху железа II (1000–587 гг. до н.э.) Иеровоамом I было возведено главное святилище Северного царства (3 Цар. 12:29–30). «Возвышенность», открытая археологами, представляет собой широкий внутренний двор с алтарём. Культовый комплекс неоднократно подновлялся вплоть до эллинистического периода. К эпохе железа исследователи относят и комплекс городских ворот с вертикальными камнями – мацебот. Здесь была обнаружена стела с арамейской надписью, упоминающая царя «из дома Давидова». На западном берегу Иордана с конца XX в. ведутся интенсивные раскопки в Тель-Рехове – израильском городе X–IX вв. с мощными постройками из сырца с использованием деревянных балок. Здесь было обнаружено также культовое сооружение с мацебот и культовой утварью и со множеством импортных керамических сосудов финикийского и кипрского производства. Необычной находкой в Тель-Рехове стали пчелиные ульи из глины и соломы, цилиндрической формы. По мнению исследователей, город был разрушен вскоре после смерти царя Ахава, около 850 г. до н.э. Раскопки этого памятника играют сегодня важную роль в научных дискуссиях о царстве Давида и Соломона. Важным археологическим памятником конца периода железа исследователи считают Телль-эль-Мазар со следами разрушений времени нашествия Синаххериба и Навуходоносора. В небольшом городе Дейр-Алла была обнаружена раннеарамейская надпись на штукатурке, упоминающая провидца Валаама (Числ. 22:5–41). В персидский период Иордан по-прежнему оставался восточной границей Иудеи. В птолемеевский и селевкидский периоды плодородные земли на восточном берегу Иордана частично находились под контролем еврейского семейства Товиадов. Тогда же возникало Десятиградие – союз свободных эллинистических городов. Число городов союза и границы их влияния постоянно менялись, однако все эти города находились в Заиорданье; Пелла (Табакат-Фахль) и Гадара (Умм-Кайс) – непосредственно на берегах Иордана. Только один город союза располагался на западном берегу реки – Ниса-Скифополь, известный во времена Ветхого Завета как Беф-Сан.