По представлению князя Габриела Дапанчули Григорий был приглашён во дворец. Царь Ашот пожертвовал монастырю Хандзта пахотные земли, в том числе местность Шатберди, где Григорий основал монастырь, восстановил город-крепость Артануджи, внутри которого царь воздвиг церковь во имя апостолов Петра и Павла. 29 января царь Ашот был убит арабами перед алтарём церкви в Долискане (по другой версии, в алтаре церкви в Гардабани). Григорий Хандзтийский, оплакивая царя, называл его «крепостью церквей» и «оградой христиан». Сыновья царя Ашота (Адарнасе, Баграт и Гуарам) продолжали оказывать поддержку церкви. После завершения строительства монастыря Шатберди они по предложению Григория собрались в Хандзте, где присутствовали также ученики преподобного: епископ Анчийский Захария, настоятель Мидзнадзорского монастыря Давид, строитель и настоятель монастыря Цкаростави Иларион, настоятель Баретелтского монастыря Захария. Сыновья царя Ашота осмотрели новый монастырь и сделали пожертвования монастырям Джмерки, Берта, Даба, Опиза, Хандзта, Шатберди и др. Ученица Григория Феврония основала в Мере женский монастырь. Возводили и возрождали монастыри и храмы и другие ученики преподобного: епископ Ишханский Савва (Ишхани), Феодор (Недзви), Христофор (Квирикецминда), преподобный Михаил Парехский (Парехи). Григорий по просьбе царя абхазов Деметре (818–854 гг.) основал монастырь Убиси (близ р. Дзирула), настоятелем которого поставил своего ученика Илариона. Всего в Кларджети было основано и возобновлено «двенадцать кларджетских пустыней» (Опиза, Мере, Даба, Парехи, Хандзта, Шатберди, Мидзнадзори, Цкаростави, Баретелта, Берта, Джмерки, Долискана), и «великим архимандритом двенадцати монастырей» стал Григорий Хандзтийский. Второй этап монастырского строительства не только укрепил в стране православие, но и благодаря совместным усилиям церкви и государства заложил основу единой Грузии. Именно в этот период автор «Жития прп. Григола Ханцтели» Георгий Мерчуле писал, что Грузией считают «обширную страну», где «литургию совершают и все молитвы творят на грузинском языке, только кириелейсон... произносят по-гречески». Арабы вмешивались и во внутрицерковные дела Грузии. Так, тбилисский эмир Саак отправил своего воспитанника диакона Цкири к царю Ашоту как кандидата на пустующую после кончины епископа Анчийскую кафедру. Кларджетские пустынники и Григорий неоднократно изобличали Цкири в неблаговидных поступках, однако сместить его с епископской кафедры не удалось. В Анчи был созван церковный Собор, который отлучил Цкири и лишил его сана епископа. Цкири «отправился в Тбилиси, к эмиру Сааку, господину своему» и был возвращён им на кафедру. Задумав убить Григория и разрушить храм в Хандзте, он внезапно умер по пути в с. Корти. В середине IX в. в Джавахети (вероятно, в Кумурдо) состоялся церковный Собор, в котором приняли участие епископы Восточной и Южной Грузии, настоятели монастырей и священнослужители, а также сын Ашота I Великого Гуарам Мампали. В числе других на Соборе обсуждался вопрос о правомерности избрания католикосом Аресения I Великого (860–887 гг.), сына самцхийского азнаура Мириана и ученика Григория. Мириан «при поддержке малого числа епископов» возвёл сына на престол католикоса, тем самым укрепив своё политическое положение и восстановив против себя епископов Картли, картлийского правителя Гуарама Мампали и ученика Григория, епископа Ацкурского Ефрема Мацкверели.