В октябре 1931 г. епископ Мальмгрен выступил против эмиграции пастора Шимке, причислив его к тем священнослужителям, которые являлись опорой лютеранской церкви. Было отказано в выезде пастору А. Ганзону и др. В ноябре 1932 г., по сведениям Министерства иностранных дел Германии, в СССР работали 56 пасторов, 24 были арестованы. В конце того же года из преподавателей в семинарии остался только епископ Мальмгрен, большинство были арестованы или оставили работу. В январе 1933 г. в семинарии обучались ещё 11 студентов. После выпускных экзаменов летом 1934 г. семинария прекратила работу, хотя официального закрытия органами советской власти не было. В 1934 г. Лютеранский всемирный конвент выделил лютеранской церкви СССР около 16 тыс. долларов, в 1937 г. его помощь составила 8 тыс. долларов. В 1933 г. в Москве состоялся последний синод Евангелическо-лютеранской церкви СССР, о котором известно только, что на нём было ординировано семь выпускников семинарии. В том же году собрался синод независимой Закавказской лютеранской церкви, в которую входило 28 общин и которой руководил после ареста пастора Майера пастор Венцель из Еленендорфа (ныне Ханлар, Азербайджан). В 1934 г. в стране было арестовано и осуждено 15 пасторов. В ночь с 26 на 27 апреля 1934 г. умер 69-летний епископ Мейер. Московский высший церковный совет остался без руководителя. Было решено, что руководить обеими консисториями будет епископ Мальмгрен. Московский высший церковный совет состоял только из двух членов вместо шести, предусмотренных Уставом. Новая Конституция 1936 г. в статье 124, ещё раз подтвердив отделение церкви от государства и школы от церкви, провозгласила свободу отправления религиозных культов и антирелигиозной пропаганды. В начале января 1936 г. епископ Мальмгрен был подвергнут тщательному допросу о его связях с заграницей и происхождении средств, на которые он жил. Летом того же года епископ покинул СССР. Сначала он переехал в Майнц, затем в Лейпциг, где умер 3 февраля 1947 г. в возрасте 86 лет. Когда епископ Мальмгрен выехал из СССР, в стране осталось всего 11 пасторов: П. Бодунген (Петергоф), отец и сын Райхерт (Ленинград), Г. Берендтс (Ташкент), Э. Ройш (Закавказье), в латышских общинах – братья Мигл, в Церкви Ингрии – С. Лаурикалла, А. Яатинен, А. Корпелайнен и Л. Шульц. Из них впоследствии только Лаурикалла эмигрировал в Финляндию, остальные были арестованы и осуждены. Последний московский пастор А. Штрек (церковь апостолов Петра и Павла) был арестован в 1936 г. и сослан в ноябре того же года. После его ареста члены общины собирались на воскресные богослужения, но когда они 8 августа 1938 г. пришли в церковь, то обнаружили её закрытой. Осенью 1937 г. были арестованы пасторы П. и Б. Райхерт. В Поволжье девять лютеранских церквей было закрыто в 1938 г. Таким образом, в 1937 г. были арестованы последние пасторы, а в 1938 г. были упразднены все лютеранские приходы. После нападения фашистской Германии на СССР указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 августа 1941 г. была ликвидирована Республика немцев Поволжья; её жители подверглись депортации. Немцы были вывезены также из сёл и городов Закавказья, Волыни, Крыма, с побережья Чёрного и Азовского морей. В 1941 г. было депортировано около миллиона немцев.