В настоящее время в Евангелическо-лютеранскую церковь в России, Украине, Казахстане и Средней Азии входят Евангелическо-лютеранская церковь Европейской России, Евангелическо-лютеранская церковь Урала, Сибири и Дальнего Востока, Немецкая евангелическо-лютеранская церковь Украины, Евангелическо-лютеранская церковь в Казахстане, Евангелическо-лютеранская церковь в Узбекистане, Евангелическо-лютеранская церковь в Грузии, Епархия Евангелическо-лютеранских общин в Киргизии, а также общины Баку, Душанбе, Серахса (Туркмения). В середине 1990 гг. численность церкви достигала 250 тыс. прихожан (600 общин, 400 из них – на территории РФ), большинство из которых имело немецкие корни. Активная эмиграция немцев на историческую родину привела к резкому сокращению численности общин, а в некоторых местах к их полному исчезновению. Возрождённая лютеранская церковь в России пережила ряд кризисов. В 1991 г. в стране была зарегистрирована Единая евангелическо-лютеранская церковь России, созданная бывшим пастором Йозефом Баронасом и его сторонниками (распалась в октябре 1996 г.). В ноябре 1995 г. суперинтендант Грефенштейн (Одесса) отказался от должности духовного руководителя Украинской епархии и создал Братскую евангелическо-лютеранскую миссию (в настоящее время Объединение братских евангелическо-лютеранских церквей Украины). 27 сентября 2003 г. четыре общины в Белоруссии создали Координационный совет Евангелическо-лютеранской церкви Республики Беларусь для защиты законных прав и интересов притесняемых общин и священнослужителей. 9 октября 2004 г. в Лиде прошёл учредительный съезд Свободной евангелическо-лютеранской церкви в Республике Беларусь. 23 октября 2007 г. была зарегистрирована Евангелическо-лютеранская церковь Аугсбургского исповедания (в России; президент – Всеволод Пудов, епископ – Даниил Соболев). Основой структуры церкви являются общины, объединённые в региональные церкви, которые могут делиться на пробства. Высшая власть у архиепископа и руководителей региональных церквей. Архиепископ (с 29 апреля 2005 г. – Эдмунд Рац) и его заместитель образуют Епископский совет. Верховный орган, Генеральный синод, созывается каждые пять лет из представителей синодов епархий. Генеральный синод избирает Президиум и архиепископа церкви. Региональные синоды созываются ежегодно. Они состоят из представителей общин, которые выбирают Президиум епархиального синода и духовных руководителей епархии. В перерывах между работой синода высшим органом управления церкви является Консистория, заседания которой проводятся два–три раза в год. В её состав входят члены Президиума Генерального синода, два члена Епископского совета, архиепископ и его заместитель, а также главный управляющий Центрального церковного управления. В коллегиальном церковном руководстве, Епископском совете и Консистории, как минимум одним человеком представлена каждая региональная церковь. Председателем Консистории является архиепископ. Канцелярия архиепископа и Центральное церковное управление находятся в церкви святых Петра и Павла в Санкт-Петербурге. С 1992 г. издаётся двуязычный печатный орган церкви – «Вестник» («Der Bote»), с 1995 г. возобновилось издание журнала «Наша церковь». Евангелическо-лютеранская церковь насчитывает около 75 тыс. человек (406 общин) и является членом Всемирной лютеранской федерации.