Не приняли «Временные постановления...» общины Поволжья (за исключением одного прихода), а также общины Украины, Сибири (они не вошли в состав церкви и после принятия Устава 1924 г.), а также Владивостока. Поволжские приходы присоединились к лютеранской церкви России только в 1923–1924 гг. Епископский совет не мог выполнять функции управления лютеранской церковью, т.к. по «Временным постановлениям...» он не являлся постоянным руководящим органом, а был, скорее, исполняющей структурой и высшим пленарным собранием. В его заседаниях принимали участие главы ненемецких национальных округов, носившие титулы епископов, а не генеральных суперинтендантов, а также президент Высшего церковного совета латышских общин И. Грюнберг и президенты Высшего церковного совета эстонских общин А. Юргенсон и О. Пальза. Заседания Епископского совета происходили не чаще раза в год (ноябрь 1921 г., июнь 1922 г., май 1923 г.). Внеочередное заседание 22 февраля 1924 г. подготовило созыв Генерального синода Евангелическо-лютеранской церкви в России, которое состоялось летом того же года. На заседании 1921 г. была признана необходимость подготовки новых пасторов и утверждена новая инструкция для проповедников и их заместителей. На заседании Епископского совета в июне 1922 г. Высшим церковным советам разрешили вводить в должность проповедников, не имевших классического теологического образования, но необходимых общинам, оставшимся без пасторов; приняли новое летосчисление, введённое январе 1918 г. декретом СНК. Епископский совет оставил за верховными главами Московского и Петроградского высших церковных советов звание «генеральный суперинтендант», а главы других национальных высших советов сохранили звания епископов. Вновь созданная церковная структура не была официально признана государственными властями, т.к. после декрета «Об отделении церкви от государства...» лишилась статуса юридического лица и формально не могла быть зарегистрирована. В 1923 г. Генеральный суперинтендант Московского высшего церковного совета Т. Мейер по просьбе немецкого посольства принял участие в первом Всемирном лютеранском конгрессе, проходившем с 19 по 24 августа 1923 г. в Айзенахе. В годы нэпа пасторы были причислены к категории нэпманов и облагались высоким налогом. На священнослужителей, так же как и на бывших жандармов и полицейских, не распространялась система социального страхования, поэтому они не могли получать пенсию. В 1923 г. пасторы были лишены права пользования землёй. Они не могли состоять членами профсоюзов и жилищных товариществ; детей священнослужителей не принимали в высшие учебные заведения (с 1923 г.). В 1918–1924 гг. около 70 пасторов эмигрировали из России; более 20 человек оставили пасторское служение (точных данных об умерших, погибших и репрессированных в этот период нет). В 1918 г. на территории империи работали 209 пасторов, в 1924 г. – 82 пастора. Более ста приходов в стране остались без проповедников. Было принято решение о возвращении к служению бывших пасторов, об ординации студентов, получивших не только высшее, но и начальное теологическое образование после сдачи пасторских экзаменов. Так, в 1921–1922 гг. четыре бывших студента Тартуского университета сдали экзамены епископу Фрейфельду и стали пасторами.