Епископ Мальмгрен представлял Евангелическо-лютеранскую церковь СССР как её высшее должностное лицо за границей, контролировал деятельность четырёх синодальных советов в областях России, прилегавших к Ленинграду, и должен был руководить семинарией проповедников (библейскими курсами), решение о создании которой было принято синодом. Епископ Мейер осуществлял связь лютеранской церкви с правительством страны и контролировал деятельность синодальных советов, не входивших в компетенцию епископа Мальмгрена. Возведение в сан обоих избранных епископов было торжественно произведено в последний день работы Генерального синода. В состав Высшего церковного совета вошли президент Мейер, епископ Мальмгрен, однин представитель от латышской, эстонской и финской общин, три мирянина (Р. Дерингер, В. Вегенер и запасной кандидат А. Иордан). В последующие годы Высший церковный совет состоял только из двух членов – Ленинградского и Московского епископов. Количество пробстских округов, утверждённое Генеральным синодом в 1924 г., постепенно увеличилось с десяти региональных и трёх надрегиональных (латышский, эстонский, финский) до пятнадцати. В 1926 г. в результате визитаторской поездки епископа Мейера в Сибирь к церкви были присоединены Омский и Славгородский округи; в 1929 г. – Западносибирское и Восточносибирское церковные управления. В апреле 1926 г. название «пробстские округа» было изменено на «синодальные округа», во главе их к 1927 г. стояли миряне. В 1925–1927 гг. собирались региональные синоды пробстских округов. В сентябре 1926 г. на Всеукраинском синоде в Харькове было объединено четыре украинских пробстских округа. В этом же году собрался синод Ленинградского округа, а в сентябре 1927 г. в Днепропетровске состоялся синод Запорожского округа. На синоде поволжских общин, работавшем в сентябре 1927 г. в Саратове и Покровске (ныне город Энгельс Саратовской области), было принято решение о присоединении к Правобережному синодальному округу церковного прихода Ташкента, который раньше принадлежал к Северокавказскому округу. В 1928 г. синоды были созваны в Финских, Латышских и Эстонских округах. 25–26 октября 1926 г. в Москве состоялась конференция пробстов, на которой обсуждались проблемы юридического урегулирования вопроса о конфирмационном обучении детей лютеран, подготовка к изданию церковного календаря, журнала и сборника церковных гимнов, новое разделение округов и определение срока созыва следующего Генерального синода. Конференция была приурочена к 350-летнему юбилею Евангелическо-лютеранской церкви в России и к открытию в 1575 (1576) г. старейшей в стране лютеранской церкви св. Михаила в Москве (в том же году праздновалось 300-летие московской церкви апостолов Петра и Павла). В 1920 гг. российские лютеране пользовались активной поддержкой братских церквей из-за границы. Так, только в 1927 г. в Германии евангелические общины собрали для поддержки российских пасторов 52 тыс. немецких марок, в 1928 г. – 46 тыс. марок. Министерство иностранных дел Германии передавало денежные средства через свои консульства и различные благотворительные организации.