Деятельность Свободной церкви постепенно распространилась и на другие районы страны. 19–21 июня 1927 г. в селе Фишер под руководством Я. Фрицлера собрался Генеральный синод СЕЛРЦКП. На заседаниях синода, кроме руководителей поволжских живоцерковников присутствовали Х. Бек (Сибирь), И. Брайфегель (Северный Кавказ), К. Брайфегель (Калмыкия), Э. Домрес и Э. Люфт (Украина), И. и П. Мюллеры (Поволжье), Т. Охме (Самарская губерния), Ф. Фриске (Уфа) и др. Синод провёл выборы руководства СЕЛРЦКП, утвердил её самоопределение и образование четырёх синодальных округов: в Поволжье, на Украине, в Сибири и в Башкирии. В синодальных округах осенью того же года собрались окружные синоды, объявившие о принятии решений Генерального синода и вступлении в официально образованную церковь. К середине 1930 гг. СЕЛРЦКП из-за усилившихся гонений на веру практически прекратила существование. Попытки создания новой централизованной церковной организации были предприняты в январе 1918 г. на конференции в Петрограде, в которой приняли участие и семь представителей Московского консисториального округа. В начале 1920 г. на встрече представителей общин Москвы был принят проект устава «Временные постановления о самоуправлении Евангелическо-лютеранской церкви в России» и разослан немецким и латышским петроградским общинам на доработку. Представители общин Московской консистории провели 22 июня 1920 г. совещание, где был избран Генеральный суперинтендант Московской консистории пастор прихода апостолов Петра и Павла в Москве Теофиль Мейер, президентом консистории стал В. Бойс. Первое заседание вновь избранного консисториального руководства состоялось 1 июля того же года. 12 июля 1920 г. на заседании Петроградской консистории также было избрано новое руководство. Однако в состав руководства не вошли представители финских и эстонских общин, которые в 1921 г. создали свои Высшие церковные советы. Осенью Московская и Петроградская консистории были переименованы в Высшие церковные советы. 20–24 ноября 1920 г. в Петрограде на объединительной конференции, созванной епископом Конрадом Фрейфельдом, были официально приняты «Временные постановления...», которые впоследствии легли в основу Устава Евангелическо-лютеранской церкви в России 1924 г. 24 ноября 1920 г. три Высших церковных совета (Московский, Петроградский и Латышский) были преобразованы в Епископский совет. На этом же заседании было решено предоставить право самоопределения финским и эстонским лютеранским общинам России. В опубликованном в апреле 1921 г. обращении  к церковным советам и пасторам евангелических общин России рекомендовалось принять «Временные постановления...» и присоединиться к новой церковной организации. Однако связи Епископского совета и Высших церковных советов с общинами не были прочными. Так, в середине 1921 г. епископ Фрейфельд писал о том, что церковное руководство установило отношения только с 79 пасторами. Большинство приходов России дало согласие на вхождение в новую церковную организацию. На третьем заседании Епископского совета 23 ноября 1922 г. Мейер сообщил, что в Московском консисториальном округе к новой церковной организации присоединилось 39 приходов.