У неё есть необходимая и посильная для неё пропедевтическая задача – содействовать подготовке сознания к восприятию сверхъестественной теологии, вести ум к пониманию Писания, приуготовлять тем самым человека к восприятию божественной благодати и служить источником аргументации для апологетической полемики. Вследствие конфессиональных установок И.Г. Альстед трактовал последнюю задачу как обоснование учения о предопределении. Другие кальвинисты того времени (И. Шарф, П. Воэт) развивали идею обособления естественной теологии от метафизики, видя в ней науку о собственно духовых предметах (Бог, ангелы, души), А. Хеереборд определял её даже как «пневматологию». Несмотря на сильную в католической мысли традицию включения естественной теологии в состав метафизики, некоторые католические теологи также начали их разделять. Об этом свидетельствует пример Т. Рейно, автора трактата «Естественная теология» («Theologia naturalis», 1622 г.), который рассматривал метафизику в качестве учения о сущем как сущем, а естественную теологию – как науку о нематериальных субстанциях (Бог, интеллигенции). Тем не менее, окончательное разделение естественной теологии и метафизики осуществить не удалось, т.к. в том же столетии метафизику начали делить на общую (metaphysica universalis), в которой «сущее как сущее» рассматривалось в своём «родовом», абстрактном значении, и специальную (metaphysica specialis), включавшую учение о Боге, ангелах и человеческих душах, т.е. предмет естественной теологии. Положение естественной теологии в качестве раздела метафизики закрепилось у одного из самых ярких представителей немецко-голландской университетской философии Ж.Б. Дюамеля (1624–1706 гг.). В сочинении «Философия древняя и новая» («Philosophia vetus et nova ad usum scholae accommodata», 1678 г.) он предложил деление метафизики на три составляющие: онтология, «этиология» (учение о причинах и нематериальных основаниях вещей) и естественную теологию – учение о Боге и душах. Более настороженное отношение выказывали к естественной теологии первые лютеранские авторы, для которых определяющей была установка Мартина Лютера на устранение из религиозной жизни философии и спекулятивной теологии. Тем не менее, Иоганн Герхард в «Теологических местах» («Loci theologici», 1610–1622 гг.) выделял определённое место для естественной теологии, опираясь на учение апостола Павла о естественном богопознании. В дальнейшем естественная теология постепенно обеспечила себе место в системе лютеранского богословия. Хотя её познавательный потенциал вследствие учения о повреждённости грехом человеческого разума, важного для лютеранства, расценивался невысоко, а спасительная сила сводилась к минимуму, тем не менее, Абрахам Калов (1612–1686 гг.) признавал её в качестве «педагогической теологии» и инструмента апологетики. Как и И.Г. Альстед, он видел её источники, с одной стороны, во «врождённых идеях» разума, с другой – в объективном миропорядке. Он считал различие этих источников знания достаточным, для того чтобы разделить саму естественную теологию (см.: «Theologia naturalis et revelata secundum tenorem Augustanae Confessionis», 1646 г.) на «субъективную» и «объективную».