Согласно Ф. Суаресу, Божественное сущее есть один из двух первичных модусов сущего вообще, а именно сущее простое, безначальное, бесконечное, безмерное, совершенное, неизменное; ему противостоит тварное сущее, не обладающее ни одним из перечисленных атрибутов. Каждое из этих свойств Божественной сущности подлежит строгому рациональному обоснованию: если естественная теология есть часть метафизики, т.е. высшей из умозрительных наук, она должна уметь подтверждать каждое из своих положений сообразно требованиям, предъявляемым к этому разряду наук. Таким образом, Ф. Суарес попытался возвести естественную теологию на тот уровень строгости, к которому стремилась эпоха нового естествознания и математики. Ему удалось осуществить свой замысел, избежав погружения в бесплодный логицизм, поскольку естественное познание Бога вырастает у него из онтологии тварного мира, доступного наблюдению и усвоению в чувственном опыте. У представителей следующего поколения богословов и философов трактаты по естественной теологии постепенно потеряли первенствующее положение и приняли форму краткого приложения к обширным «Курсам» по общей философии. Содержание естественной теологии как части метафизики стало ограничиваться аналитическим выведением некоторых характеристик Божественной сущности из её формального понятия: например, из дефиниции Божественной сущности как сущего самого по себе, не находящегося в зависимости ни от чего другого, выводятся такие её атрибуты, как вечность, неизменность, актуальное существование и т.д., входящие в сущностное понятие первого сущего. Другой распространённой темой этой метафизической теологии был вопрос о том, можно ли отнести Божественное сущее к категории субстанции, или надлежит поставить Бога вне категориальных членений сущего. Обсуждение подобных вопросов осуществлялось в соответствии с опробованным и отработанным методом рациональной метафизики, т.е. методом, основанным на логическом анализе понятий. Начиная с раннего Нового времени в общем контексте межконфессиональной полемики усилилось обсуждение вопросов о предмете, методе, источниках и месте естественной теологии в структуре наук – прежде всего, в её отношении к богооткровенной теологии, с одной стороны, и к метафизике и философии в целом, с другой стороны. Несмотря на то что Жан Кальвин прямо отрицал значение естественной теологии, полагая, что внутреннего свидетельства человеческого духа для богопознания вполне достаточно, первой по времени с обсуждением проблематики естественной теологии выступила кальвинистская школьная философия в лице Иоганна Генриха Альстеда (1588–1638 гг.). В своём трактате «Естественная теология» («Theologia naturalis», 1623 г.) и в ряде других сочинений И.Г. Альстед (в противоположность католическим теологам) отделял естественную теологию от метафизики, не выделяя её в то же время из философии как целого. Субъективным источником познания для естественной теологии является естественный свет разума (lumen naturae), а объективным – порядок сотворённого мира, «книга природы» (liber naturae); она опирается на доступные для рационального усмотрения элементы учения Библии, однако в сердцевину христианского таинственного учения (mysteria) входить не должна и не может.