В период с XVI по XVII вв., который в традиционной классификации принято называть второй схоластикой, концепция естественной теологии как науки стала доминирующей. В её развитии на этом этапе важную роль сыграли несколько факторов: создание в начале XVI в. фундаментальных комментариев к обеим «Суммам» Фомы Аквинского (Каэтан, Ф. Феррари); Тридентский собор (1545–1563 гг.), утвердивший учение Фомы в качестве идеологической основы Контрреформации; интеллектуальная деятельность Ордена иезуитов (основан в 1534 г., официально признан в 1540 г.). Во второй половине XVI в. иезуитами П. Фонсекой, Ф. Суаресом было переосмыслено место естественной теологии в системе наук: она стала частью метафизики (которая тогда же утвердилась в качестве автономной науки), а её предмет, божественное сущее, был признан главным или преимущественным (praecipuus) предметом метафизического исследования. В многочисленных «Философских курсах» («Cursus philosophicus»), являвшихся основным жанром философской литературы в схоластике XVII в., темы естественной теологии рассматривались обычно в самом конце, как завершение всей системы философского знания. В тот же период постепенно произошли существенные сдвиги в трактовке метафизики в целом: она сужается до учения о субстанции, многие темы более общего характера перемещаются в область логики. Нарастающая формализация не могла не затронуть и естественную теологию как часть метафизики. Объём разделов, посвящённых ей в философских курсах, неуклонно сокращался; трактовка проблем становилась всё более сухой и формальной. Одним из первых богословов XI в., пытавшихся применить логику к исследованию истин веры, был Беренгарий Турский, писавший: «Если только человек – не слепой глупец, он не может отрицать, что в поисках истины разум, несомненно, является наилучшим вожатым». Поскольку именно дар разума делает человека образом Божьим, логические и разумные методы исследования признавались Беренгарием абсолютными и применимыми к любым, в том числе божественным, вещам. Такая позиция приводила его к сомнительным и даже ошибочным выводам, например, в учении о евхаристии. Против крайностей, до которых доходил Беренгарий в своём увлечении логическим методом, выступал влиятельный теолог Ланфранк, архиепископ Кентерберийский. Хотя Ланфранк не отрицал пользы логики, в том числе и в богословии, но противился её неразборчивому приложению к таинствам веры. Логические доводы, по мнению Ланфранка, являются лишь одним из способов аргументации; другим более сильным способом остаётся прямое обращение к тексту Священного Писания. Кентерберийский архиепископ Ансельм, ученик Ланфранка, был убеждён, что у человека есть два источника знания: вера и разум. Вера должна быть исходной точкой в поисках истины: «Не для того пытаюсь понимать, чтобы верить, но верую, чтобы понимать». В противоположность крайним диалектикам, он отстаивал первенство веры и отказывался подчинить Священное Писание разуму диалектика. Однако, по мнению Ансельма, как только христианин укрепится в вере, он законно может пытаться понимать то, во что верит. Ансельм считал возможным доказать необходимость Троицы и Воплощения, предупреждая при этом, что логически доказать необходимость этих таинств не означает вполне познать их.