У. Оккам отрицал возможность рационально доказать существование Бога. Согласно Оккаму, уверенность в том, что Бог есть, целиком основана на вере в Откровение и покорности авторитету Священного Писания, но никак не на очевидности. Можно доказать, что в каждом ряду причин, действующих в тварном мире, должна содержаться некая первая причина; но нельзя доказать, что эта первая причина непременно лежит вне самого тварного мира. Из этого логично вытекает невозможность рациональным научным образом обосновать присутствие каких-либо атрибутов в Боге. Благодаря естественному разуму мы можем знать только два атрибута Бога – Его мудрость и Его благость, поскольку они открываются нашему уму как всеобщие атрибуты сущего. Все остальные божественные атрибуты познаются только верой. Начало нового расцвета томистской естественной теологии связано с именами доминиканского теолога кардинала Каэтана и Франческо Феррари, крупнейших комментаторов Фомы Аквинского. Оба комментатора систематизировали и значительно переработали учение Фомы об аналогии. Согласно Каэтану, существует три вида аналогии: аналогия неравенства (analogia inaequalitatis), аналогия атрибуции (analogia attributionis) и аналогия пропорциональности (analogia proportionalitatis). Первые два вида представляют собой несобственные аналогии, и только последний вид есть аналогия в собственном смысле. Именно к ней принадлежит аналогия бытия. Она устанавливает пропорциональное соотношение между Божественным бытием и бытием творений (тварное бытие так относится к сущности каждой твари, как нетварное бытие – к сущности Бога) и позволяет использовать понятие бытия применительно к Богу и творениям, сохраняя в то же время трансцендентность Божественного сущего. Каэтан и Ф. Феррари положили начало одному из двух мощных течений в томизме XVI–XVII вв. Последователями этого течения были, главным образом, итальянские доминиканцы, а основным жанром – комментарии к текстам Фомы Аквинского. Другое течение представляли испанские иезуиты, влияние которых значительно усилилось после Тридентского собора. Перу иезуитов принадлежат первые систематические трактаты по метафизике, венцом которой была призвана стать естественная теология. Испанский иезуит Франсиско Суарес в монументальном трактате «Метафизические рассуждения» сформулировал методологические принципы и основные положения естественной теологии. Понятие Божественного сущего подпадает под более общее понятие сущего как такового и подлежит исследованию во вторую очередь, после того как будут установлены и подвергнуты анализу универсальные атрибуты и причины сущего вообще. Уступая первенство сущему как таковому в логическом порядке предикации, Божественное сущее остаётся безусловно первым в онтологическом порядке. Как абсолютно трансцендентное творению, оно не может быть познано обычным путём, на основании различных родов причин, действующих внутри тварного мира. Поэтому Ф. Суарес отвергает из-за его физического характера аристотелевский и томистский путь доказательства существования Бога через движение, отвечающий принципу «всё, что движется, движется другим», и утверждает вместо него метафизический принцип «всё, что производится, производится другим».