В начале XIII в. возникает влиятельная францисканская школа теологии. Ранние францисканцы стремились к созданию богословско-философского синтеза, ориентируясь на общий дух первоначального августинизма. Один из первых представителей францисканской мысли, Бонавентура, развивал многие темы естественной теологии внутри общего учения о Боге Творце. Основными направлениями исследований Бонавентуры в этой области были: философское обоснование творения, попытка выстроить аналогию между Богом и сотворёнными Им вещами, трактовка Бога как причины и образца для творений. Бонавентура считал, что возможно доказать абсурдность вечного существования мира и рационально обосновать его сотворённость. Всецелое бытие мира зависит от Бога и в каждое мгновение нуждается в поддерживающем действии божественной причины. Сам Бог есть чистая форма света; в основе творений тоже лежит первичная форма света, которая аналогична свету божественному и представляет собой начало активности в телах, источник их изначальной энергии. Идеи, по которым Бог создаёт творения, реально не отличаются от Него Самого. Различие между идеями и Самим Богом возникает только при нашем способе мыслить и именовать идеи. Говоря точнее, идеи – это те возможные способы, которыми творения способны подражать совершенству Бога. Фома Аквинский – центральная фигура этого периода. В «Сумме теологии» он первым чётко различил два рода теологии: философскую теологию, или «божественную науку» (scientia divina), и богооткровенную теологию, или «священное учение» (sacra doctrina). Первая пользуется естественным светом разума; вторая, более возвышенная и совершенная, обращается к свету божественного Откровения: «Обо всех вещах говорится в философских дисциплинах, и в том числе о Боге; поэтому одна из частей философии называется теологией, или божественной наукой… Но ничто не воспрещает, чтобы о тех же вещах, о каких философские дисциплины трактуют сообразно тому, что они могут познаваться естественным светом разума, трактовала и другая наука, сообразно тому, что они могут познаваться светом божественного Откровения. Поэтому теология, принадлежащая к священному учению, отличается по роду от той теологии, которая полагается частью философии». Предмет обеих теологий отчасти совпадает. Та и другая исследуют божественное сущее, но адекватным предметом богооткровенной теологии выступают те истины о Боге, которые узнаются из Откровения, и только из него (например, истины о Боговоплощении, об Иисусе Христе как Спасителе и т.п.); предмет же философской теологии – те истины, которые, хотя они относятся к божественному сущему и принадлежат к содержанию Откровения, могут познаваться и помимо Откровения, благодаря одному лишь естественному свету разума (Бог как начало и причина мира, бесконечность и простота божественной сущности и т.д.). Таким образом, Фома Аквинский впервые утвердил естественную теологию в качестве науки в аристотелевском смысле слова. По его утверждению, естественная теология есть высшая умозрительная наука, которая имеет собственный предмет, отличный от предметов других наук как содержательно, так и формально. Она использует собственный адекватный метод исследования предмета (восхождение путём аналогии от тварных следствий к божественной первопричине) и выстраивается как последовательность истинных утверждений, каждое из которых может быть рационально обосновано.