Появление второй теории связано с развитием методов литературно-критического анализа. Она подразумевает существование некоего письменного источника, которым пользовался писавший Евангелие от Иоанна (в этом случае он, скорее всего, не был очевидцем описываемых событий). Среди множества гипотез наибольшее признание получила гипотеза о том, что в основе Евангелия от Иоанна лежит «Евангелие знамений», которое не сохранилось в качестве отдельного памятника, но, полагают исследователи, содержало рассказы о чудесах и знамениях, совершённых Христом (некоторые исследователи считают, что оно включало и повествование о Страстях). Хотя термин «Книга знамений» был введён для Ин. 2–12 Чарлзом Харольдом Доддом (сторонником первой теории), к гипотетическому письменному источнику его применил Р. Бультман. Реконструировать оригинальный текст этого памятника попытался Р. Фортна. В отличие от Р. Бультмана, который предполагал использование в Евангелии от Иоанна ещё какого-то гностического текста, содержащего откровения, Р. Фортна отверг существование иных источников помимо «Евангелия знамений» и считал, что речи и диалоги написаны самим редактором Евангелия от Иоанна. Хотя теория письменного источника обрела множество сторонников, и та и другая её версии подверглись серьёзной критике. Во второй половине 1990 гг. реконструкция Р. Фортны получила поддержку в результате применения методов компьютерной обработки. Были проведены скрупулёзные стилометрические исследования (частоты употребления тех или иных форм глагола, предлогов, синтаксических конструкций и т.п.), которые подтвердили наличие в Евангелиях, по крайней мере, трёх стилистически отличных друг от друга групп текстов (то, что называется «Евангелие знамений», некий «иной нарратив» и «длинные речи»). В любом случае, даже противники теории «Евангелия знамений» допускают существование небольшого письменного источника повествований о чудесах (например, для Ин. 2:1–11; 4:46–54). Теория, наиболее популярная в XX в., основана на признании нескольких последовательных редакций Евангелия от Иоанна. Среди её сторонников были такие авторитетные учёные, как Раймонд Браун, Рудольф Шнаккенбург, Дж.Л. Мартин. По этой теории, Евангелие от Иоанна является продуктом общины, к которой принадлежал или которую основал апостол Иоанн. Особенности Евангелия от Иоанна (в богословии, на литературном уровне и т.д.) связаны с тем, что в нём отражены те внутренние и внешние конфликты, с которыми сталкивалась община (отлучение от синагоги, появление ересей гностиков, докетов и др.). Для сторонников теории множественных редакций одним из ключевых аргументов в построениях является содержание Ин. 21. Смерть апостола Петра, намёк на которую содержится в этой главе (Ин. 21:18), обычно рассматривается как событие, раньше которого невозможно датировать написание Евангелия от Иоанна. До середины 1970 гг. большинство исследователей отрицали использование евангелистом Иоанном текстов трёх других евангелистов. Однако в 1975 г. Ф. Нейринк выступил с докладом, в котором показал, что в Евангелии от Иоанна встречаются стихи, которые не просто содержат материал синоптиков, но и имеют явные признаки редакторского стиля одного из них (в частности, упоминание лежащих во гробе пелен в Лк. 24:12, чего нет у других синоптиков, использовано в рассказе Ин. 20:3–10).