Наибольшей популярностью пользуются две теории – традиционная точка зрения (что это апостол Иоанн, сын Зеведея) и гипотеза, основанная на литературно-критическом анализе (что это художественный образ идеального ученика или фигура, подобная Учителю праведности в кумранских текстах, необходимая для придания авторитетности тексту Евангелия). К числу экстравагантных версий исследователи относят предположения, что этот неназываемый ученик – Мария Магдалина или апостол Фома (в последнем случае помимо множества других аргументов важным является то, что только стоявший у Креста «любимый ученик» или те, кто участвовали в снятии с Креста и в погребении, могли знать о ранах, которые были на теле Христа; об этих ранах говорит именно апостол Фома в Ин. 20:25, 27; однако из Ин. 20:8 следует, что «любимый ученик» уверовал раньше, когда увидел пустой гроб; кроме того, стоявший у Креста мог поведать об увиденном другим ученикам ещё до явлений Христа). Как полагают исследователи, личность «любимого ученика» была настолько хорошо известна первым читателям Евангелия от Иоанна, что уточнять его имя не требовалось (например, имя Матери Христа в Евангелии от Иоанна также нигде не называется, хотя сомнений в том, что Её имя Мария, никогда ни у кого не возникало). Сформулированные в работе Брука Фоса Уэсткотта доказательства о том, что евангелист – апостол Иоанн (автор был евреем, жителем Палестины, очевидцем событий, апостолом, Иоанном, сыном Зеведея), до сих пор не были последовательно опровергнуты, и первые два пункта в настоящее время разделяются большинством исследователей; находка древнейшего папируса с текстом Евангелия от Иоанна (около 125 г.) лишила основания гипотезы позднего происхождения этого Евангелия, а открытие рукописей Мёртвого моря разрушило теории эллинистического происхождения Евангелия, построенные на анализе его богословского содержания. Текст Евангелия от Иоанна действительно свидетельствует о знании писавшим его ряда еврейских обычаев и законов (обряд очищения в Ин. 2:6; обряды праздника Кущей в Ин. 7:37 и 8:12; законы о субботе в Ин. 5:10; 7:21–23; 9:14 и др.), о знании еврейской истории (например, о сроках строительства храма в Ин. 2:20; о вражде с самарянами в Ин. 4:9; об отношении к евреям диаспоры в Ин. 7:35; имена первосвященников в Ин. 11:49; 18:13 и др.), некоторых топонимов Палестины и Иерусалима: купальня у Овечьих ворот, при которой было пять крытых ходов (Ин. 5:2), купальня Силоам (Ин. 9:11) и каменный помост возле претории (Ин. 19:13), обнаруженные археологами в XX в.; в Евангелии от Иоанна в отличие от синоптических упоминаются такие детали, как место проповеди Иоанна Крестителя (Ин. 1:28; 3:23); иное название Галилейского моря – Тивериадское озеро (Ин. 6:1; 21:1); колодец Иакова у самарянского города Сихарь близ Сихема (Ин. 4:5); город Ефраим рядом с пустыней (Ин. 11:54) и др. В Евангелии от Иоанна по именам упоминаются не названные прямо у синоптиков лица, имена которых сохранять в предании было не принципиально важно, например, имена апостолов Филиппа и Андрея в повествовании о насыщении множества народа (Ин. 6:7–8); Марии, сестры Лазаря, помазавшей миром ноги Спасителя (Ин. 12:3); раба Малха, которому Петр отсёк ухо (Ин. 18:10), и др.